matlab treeplot 水平,ggtree版本的plotTree

把数据和进化树关联并展示出来，在ggtree之前并不是一件很容易的事。现在有了ggtree，一切变得很简单。

Kat Holt(@DrKatHolt, http://holtlab.net/)开发了plotTree(https://github.com/katholt/plotTree)包含了R和python两个版本，可以支持把一些相关的信息(比如taxa info，SNP位点，matrix等)和进化树关联起来，我用ggtree重新画了一篇，代码非常简单，点击阅读原文直达，对于想要学习ggtree的人来说，这也是极好的材料。实际的数据、面向问题的实操。

TAXA 信息

第一个例子，展示TAXA的相关信息，对于ggtree来说，无非是不断+geom_tiplab()，想加多少加多少。

全基因组热图

Pan genome heatmap，这实际上是数值型的矩阵，画热图，gheatmap可以干这些，这个数据是预先处理，先做了聚类的。

基因信息

基因信息，这是分类型的矩阵，同样是gheatmap画出。

gheatmap是我在写出facet_plot之前写的，它有个好处是可以随意旋转坐标轴为极坐标，ggtree六角贴就是用这个数据画的，你还可以画成扇子型，都是没问题的，随便用open_tree指定开口的角度就行了。

facet_plot相关联各种图形

SNP信息，红色点是SNP信息，这里用到了facet_plot，这是ggtree的通用方法，可以随便关联数据，为了展示随意组合，我又在右边额外加了一些bar(这里其实是用geom_segment画的线条)。

这个SNP位点，是用geom_point画的，但我们看到的是竖线条|，用|表示SNP位点，这个很简单的，只要geom_point(pch=”|”)就可以了，点的形状是随便指定的，你也可以指定为字母比如geom_point(pch=’Y’)。

有了这个facet_plot神器，基本上随便把数据和树关联，随便组合把不同的数据在一起展示。比如下面这张：

再比如之前展示过的这张：