我们一般会熟悉sam/bam格式文件,就是把测序reads比对到参考基因组后的文件!bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,而UCSC规定的这几个文件格式(wig、bigWig和bedgraph)用处不一样,仅仅是为了追踪参考基因组的各个区域的覆盖度,测序深度!而且这些定义好的文件,可以无缝连接到UCSC的Genome Browser工具里面进行可视化!
对SE数据,可以用macs2 pileup --extsize 200 -i $sample.bam -o $sample.bdg 把bam文件转换为bedgraph文件,不需要call peaks这一步骤。
而UCSC的ftp里面可以下载bedGraphToBigWig $sample.bdg ~/reference/genome/mm10/mm10.chrom.sizes $sample.bw 把bedgraph文件转换为bw文件,其余的转换工具都可以下载。
具体文件格式定义请直接看UCSC的官网,下面是我基于自己的理解来翻译的,没什么特殊的,建议大家看原文,然后自己翻译一个,跟我比较!
这3种文件格式都是UCSC规定的,所以它提供了系列工具进行互相转换,可以直接下载可执行版本程序:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/
常见的工具如下:
bigWigToBedGraph — this program converts a bigWig file to ASCII bedGraph format.
bigWigToWig — this program converts a bigWig file to wig format.