NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[4] - bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式

最新推荐文章于 2023-12-27 17:19:16 发布
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NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[4] - bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式

系列文章：
二代测序方法：DNA测序之靶向重测序
NGS数据分析实践：00. 变异识别的基本流程
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NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[1] - fasta和fastq格式
NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[2] - sam/bam格式
NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[3] - gtf/gff格式

测序数据分析中涉及的常用格式：测序得到的是带有质量值的碱基序列(fastq格式)，参考基因组是(fasta格式)，用比对工具把fastq格式的序列比对到对应的fasta格式的参考基因序列，就可以产生sam格式的比对文件。把sam格式的文本文件压缩成二进制bam文件可以节省空间，如果对参考基因组上面的各个区段标记它们的性质，比如哪些区域是外显子、内含子、UTR等等，这就是gtf/gff格式。如果只是

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matlab wiggle打开,wig、bigWig和bedgraph文件详解
weixin_29798025的博客
03-17 924
我们一般会熟悉sam/bam格式文件，就是把测序reads比对到参考基因组后的文件！bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域，而UCSC规定的这几个文件格式(wig、bigWig和bedgraph)用处不一样，仅仅是为了追踪参考基因组的各个区域的覆盖度，测序深度！而且这些定义好的文件，可以无缝连接到UCSC的GenomeBrowser工具里面进行可...
NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[2] - sam/bam格式
hucy_Bioinfo
09-27 1502
测序得到的是带有质量值的碱基序列(fastq格式)，参考基因组是(fasta格式)，用比对工具把fastq格式的序列比对到对应的fasta格式的参考基因序列，就可以产生sam格式的比对文件。把sam格式的文本文件压缩成二进制bam文件可以节省空间。
bedgraph文件转bigwig文件
ACGTexplorer的博客
11-17 4349
在linux下直接安装bedgraphtobigwig，fetchchromsizes，bedclip，由于对环境变量理解不够清楚，总是出错，主要我不知道这些软件的安装位置，使用which，whereis也没有找到，搞了非常久，最后决定先用conda安装 conda create -n ucsc -c bioconda ucsc-bedgraphtobigwig conda activate ucsc conda install -c bioconda ucsc-bedgraphtobigwig conda
bed bam wig、bigWig和bedgraph文件详解
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生信小博士的博客
12-27 4660
文件格式数据类型存储方式应用场景BED基因组区域文本基因组注释、ChIP-seq、ATAC-seq等WIG连续测量值文本基因表达、DNA甲基化、染色质可及性等BIGWIG连续测量值压缩基因表达、DNA甲基化、染色质可及性等BEDGRAPH连续测量值文本基因表达、DNA甲基化、染色质可及性等SAM比对结果文本高通量测序数据比对BAM比对结果文本高通量测序数据比对bw连续测量值压缩基因表达、DNA甲基化、染色质可及性等BED文件。
生信：2：sam格式文件解读
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第二章：生物信息分析第一节：解读sam格式文件1，SAM文件格式介绍SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdfSAM文件由两部分组成，头部区和主体区，都以tab分列。 头部区：以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比如比对的SA
slow_bedGraph_to_wig:我在使用 ucsc 工具将 Bedgraph（或 bigwig）转换为 wiggle 时遇到了问题，所以我制作了这段代码
06-26
slow_bedGraph_to_wig 我在使用 ucsc 工具将 Bedgraph（或 bigwig）转换为 wiggle 时遇到了问题，所以我制作了这段代码。
NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[3] - gtf/gff格式
hucy_Bioinfo
09-28 1255
把sam格式的文本文件压缩成二进制bam文件可以节省空间，如果对参考基因组上面的各个区段标记它们的性质，比如哪些区域是外显子、内含子、UTR等等，这就是gtf/gff格式。
NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[5] - vcf格式
hucy_Bioinfo
09-29 3153
把sam格式的文本文件压缩成二进制bam文件可以节省空间，如果对参考基因组上面的各个区段标记它们的性质，比如哪些区域是外显子、内含子、UTR等等，这就是gtf/gff格式。如果只是为了单纯描述某个基因组区域，就是bed格式文件，记录染色体号以及起始终止坐标，正负链即可。如果是记录某些位点或者区域碱基的变异，就是vcf文件格式。
NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[1] - fasta和fastq格式
hucy_Bioinfo
09-27 2567
测序得到的是带有质量值的碱基序列(fastq格式)，参考基因组是(fasta格式)，用比对工具把fastq格式的序列比对到对应的fasta格式的参考基因序列，就可以产生sam格式的比对文件。
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一、特点及适用场景： 后缀名：.bw，.bigwig bigWig文件为索引二进制格式 主要用于密集，连续的数据 在处理大型数据集时，bigWig文件的显示性能比常规的wig文件快得多 数据必须是连续的并且由大小相等的元素组成，如果数据是稀疏或包含大小不同的元素时，请使用bedGraph格式 二、wig 转 bigwig BigWig文件可以使用wigToBigWig程序从wiggle（wig）格式文件转换得到 1、 创建 wig 文件 wig 文件转换为bigWig文件时，必须为每个数据轨迹创建一个单
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qq_39306047的博客
07-08 9710
！！！！记得把下载的bigWigToBedGraph加上chmod 755 bw转bedgraph 转 bed 转其他 都可以的 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ ================================================================ ======== bigWigToBedGraph ================================...
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欢迎关注”生信修炼手册”!在chip_seq的分析结果中，经常会通过igvtools或者UCSC等基因组浏览器对样本的测序深度分布进行可视化，方便直观的比较样本间的差异，示意如下比对基因...
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1）自己实验获得的原始测序文件（.fastq.gz），测序文件格式为.fastq格式，而.gz格式是压缩格式，为了节省存储空间。 可以将测序文件修改为自己样品的名字 2）从NCBI的GEO数据库中下载sra文件，需要转换为.fastq文件。 $ wget -c ‘下载地址’ #wget下载数据，-c参数为断点续传 从GEO数据库中下载的.sra文件 #如果是单端测序文件就只需要fastq-dump命令将sra文件转换为fastq测序文件。 $ fastq-dump SRR10485695.sra #如果
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bed文件是记录基因组位置信息的标准文件格式，同时也用于存储与位置相关的信息，例如在ChIP-Seq 分析中，长以bed文件存储检测信号强度的信息、结构变异检测（SV）结果也可以用bed文件或bedpe文件进行存储。可以说，bed文件格式的应用范围非常广泛。 除了bed文件之外，gtf文件格式和其发展版本gff文件格式，也是常用的记录基因组区间位置的文件格式；GATK 团队针对基因组版本管理的基本需求，规定了interval list 文件格式强绑定bed文件与基因组之间的依赖关系等等。这类文件的基本规则
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生信文件格式 | BedGraph（基因组浏览器绘制） 一、特点及适用场景： 后缀名.bedGraph 允许以跟踪格式显示连续值的数据 对于概率分数和转录组数据很有用 如果bedGraph数据集非常大（超过5000万行 ），则可以使用该bedGraphToBigWig程序将其转换为bigWig格式 bedGraph文件不能转换为 wig 文件。 使用bigWigToWig将 bigWig 转换为bedGraph文件 二、格式 一共包含四列： chromA chromStartA chromEndA
上述仍然报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz --output-log hwe_pashing.log --thread 8 Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to'
06-12
看起来问题出在"--output-map"选项上。根据报错信息，该选项的值应该是一个文件名，但你提供的是一个VCF文件的路径。建议你指定一个文件名来作为输出的marker信息文件。比如，你可以使用"--output-map hwe_pashing.map"选项来指定输出文件名。请尝试以下命令： ``` shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8 ``` 其中，"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名。请根据你的实际需求进行相应的修改。
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