webbrowser1 脚本报错_HISAT2+Stringtie+DESeq2 （prepDE.py脚本报错向)

2019/10/14 原作者出了解决方案，更新了prepDE.py脚本。

=====================原文==============================

写这篇文章的主要原因还是出于这两天来找一个很小的bug找不到，最后发现版本不兼容的故事。

背景：HISAT2+Stringtie+Ballgown本来是一组黄金组合，但是由于我的生物学重复（biological replicates）只有三个，用ballgown得出的结果我觉得还是有些保守的。所以自然想到想用DESeq2和edgeR重新处理一下。

HISAT2+Stringtie+ballgown的整个流程我觉得已经被写了太多次了，官方也是有很清楚的manual (https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095.pdf). 在这里我就不加赘述了。

正文：

Stringtie的输出类型是FPKM，而DESeq2的输入要求是count。所以要多一步转换，stri