本文介绍了转录组拼接软件Trinity的详细使用方法，包括其工作流程、安装步骤、必备参数和可选参数的解释，以及适用于真菌物种组装的命令示例。Trinity由Inchworm、Chrysalis和Butterfly三个模块组成，主要用于de novo组装RNA-seq数据。文章最后提到了Trinity生成的结果文件和统计信息分析工具。
今天宾利哥哥为大家编写了转录组拼接软件Trinity的安装与使用，直接上干货。
一、 Trinity简介
Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。
Trinity的简要工作流程为：
Inchworm: 将RNA-seq的原始reads数据组装成Unique序列；
Chrysalis: 将上一步生成的contigs聚类，然后对每个类构建Bruijn图；
Butterfly: 处理这些Bruijn图，依据图中reads和成对的reads来寻找路径，从而得到具有可变剪接的全长转录子，同时将旁系同源基因的转录子分开。
Trinity发表在 Nature Biotechnology。
二、 Trinity的安装
1. 下载Trinity。
2. 安装Trinity。
$ tar zxvf trinityrnaseq_r2013-02-25.tgz
$ cd trinity
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