我有一长串DNA序列,我需要找到由间隔序列侧翼的两个回文序列组成的区域。
输入是:
cgtacacgagtagtcgtagctgtcagtcgatcgtacgtacgtagctgctgtagcactatcgaccccacacgtgtgtacacgatgcacagtcgtctatcacatgctagcgctgcccgtacgGATGGCCAAGGCCATCcgatcgctagctagcgccgcgcgtagcccgatcgagacatgctagcagttgtgctgatgtcgagatagctgtgatgcgatgctagcgccgcctagccgcctcgtgtaggctggatgcga的tcgatcgatgctagcggcgcgatcga tgcactagccgtagcgctagctgatcgatcgtaGATGGCCAAGGCCATCcgcgtagatacgacatgccgggggtatataa
这是我的代码:
use strict;
use warnings;
my $input= $ARGV[0];
chomp $input;
open (my $fh_in, "
my $dna= ;
chomp $dna;
#######################################################################################
if ($dna=~ /[^ACGT]/gi) {
print "This is not a valid DNA sequence, it has unknown base(s)\n";
}
$dna=~ tr/[acgt]/[ACGT]/;
#####################################