使用Trinity 软件进行拼接（无参转录组）

最新推荐文章于 2024-07-08 16:52:07 发布

易拉罐000

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分类专栏：转录组

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文章背景（此背景非彼背景）

本文主要是对Trinity软件的背景、安装以及参数做一个详细的介绍。别问为什么没有接着做 02——转录组分析——软件下载；因为发现师兄留下来的数据是需要用无参转录组进行分析的。。。。内心真的毫无波澜。。。。。

所以，这几天把转战无参转录组数据分析，发现教程太少，只能自己慢慢摸索。这就是这篇文章诞生的背景。。。。文章还是用mubu笔记做的，原谅我对知乎不太熟悉。

文章内容

详细见原文哦：https://mubu.com/doc7rOODCo_LMx
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Trinity转录组无参组装

mushroom234的博客

11-24

2590

软件trinity使用流程 1. 数据下载从NCBI的SRA下载原始下机数据，选择双端测序的Pair-end,但是一般只有一个文件，需要进行格式转换与解压： 2. 安装软件本次全部使用conda进行，在conda中安装trinity和其他附带软件： conda install -c bioconda blast conda install -c bioconda trinity 还需要安装sratoolkit，但是conda中没有找到这个软件，所以直接wget了，如果此链接失效可以寻找其他链接：

使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子

weixin_30824277的博客

11-09

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使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子 2017-06-12 09:42:47 293 0 0 Trinity 将测序数据分为许多独立的de Brujin graph，理论上每一个图对应一个表达的基因。整个流程分为三个步骤：Inchworm, Chrysalis, and Butterfly Inchworm:从reads中提取所有的重叠k-me...

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开源的RNA-Seq分析软件Trinity的详细介绍和使用方法

zrc_xiaoguo的博客

01-10

2783

Trinity是一种开源的RNA-Seq分析软件，用于转录组的de novo组装。转录组de novo组装是通过将RNA-Seq数据中的短序列片段（reads）重新组装成完整的转录本（transcript）的过程。Trinity的主要功能和作用如下：转录本组装：Trinity可以将RNA-Seq数据中的reads重新组装成完整的转录本。它通过比对和组装过程，将reads组装成相应的转录本，并生成一个转录本集合。这些转录本可以用于进一步的分析和注释。

Trinity：转录组从头组装

最新发布

m0_53945548的博客

07-08

249

【代码】Trinity：转录组从头组装。

Trinity的安装与使用

wangyiqi806643897的专栏

04-13

5133

一、 Trinity简介 Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。Trinity的简要工作流程为： Inchworm: 将RNA-seq的原始reads数据组装成Unique序列； Ch

Trinity使用流程

jiaxiaodong1018的专栏

04-16

9615

原文地址：http://www.plob.org/2014/12/22/8826.html 1:分析流程图如下 2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下： 1 cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fq 2 cat 1M_

Trinity安装与使用-Trinity-v2.15.1（bioinfomatics tools-006）

weixin_44874487的博客

03-05

4485

转录组的组装神器-Trinity。生命科学发展到现在，生科口的科研人员谁还不会转录组组装及其分析呢？先学会走路--转录本组装！

rsem比对_无参转录组分析：使用 Trinity 进行转录本拼接（参考脚本）

weixin_28756833的博客

01-13

2289

1，参考脚本：nohup /home/zxd/software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity --seqType fq --max_memory 4G --CPU 1 --samples_file ../sample.txt --SS_lib_type RF >trinity.log 2>trinity.err &2，链特异性参数设不...

trinityrnaseq:Trinity RNA-Seq de novo转录组组装

04-06

**如何使用 Trinity**: 使用 Trinity 进行转录组组装通常包括以下几个步骤：数据预处理、质量控制、读取配对、组装、转录本注释以及下游分析。用户需要准备FastQ格式的RNA-seq数据，并根据官方文档提供的指令进行...

公司无参转录组分析结题报告1

08-03

本报告详细介绍了在一个生工生物项目的无参转录组分析过程中涉及的关键名词、软件工具、数据库、实验流程以及分析结果。 1. **名词解释** - **转录组**：细胞或组织在特定条件下的全部转录产物，包括mRNA、非编码...

常用转录组组装软件集合

weifanbio的博客

11-11

1636

转录组组装软件基因组组装基因组组装（Genome assembly）是指使用测序方法将待测物种的基因组生成序列片段（即read），并根据reads 之间的重叠区域对片段进行拼接，先拼接成较长的连续序列（contig），再将contigs 拼接成更长的允许包含空白序列（gap）的scaffolds，通过消除scaffolds 的错误和gaps，将这些scaffolds 定位到染色体上，从而得到高质量的全基因组序列。可简单描述为：reads---->contig---->scaffold---

Trinity软件对转录组进行无参比对教程

BioinfoDu

12-24

1398

2023年将结束，分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的，以及多多少少可以帮助解决一下的同学。我们这里所说的是的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并不知专职做这块的博主，等等…。因此，我这边一直在鼓励大家投稿，但的事情很多…。害！

trinity的简介、下载及使用

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niuhuihui_fei的博客

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Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。

dnastar拼接反向互补序列_#软件工具# 转录组拼接软件Trinity的安装与使用

weixin_30045711的博客

12-29

1829

今天宾利哥哥为大家编写了转录组拼接软件Trinity的安装与使用，直接上干货。一、 Trinity简介Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。Trinity的简要工作流程为：Inchworm...

转录组Trinity组装软件的介绍

jz19901202的博客

10-23

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安装trinity、解决报错

Bio大恐龙

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trinity安装

转录组拼接软件Trinity使用安装报错锦集

Yujia's Blog

11-06

6993

由于要做无参转录组分析，所以就要使用trinity来做reads的拼接。但是自己安装trinity时遇见了一堆问题，最终一一解决，解决方案分享在下面。最开始我去github看Trinity的wiki，它给出直接编译的方案来安装trinity，但是很不幸，我使用cmake的时候，系统报错缺cmake,而且我没有root权限装很麻烦，所以我就换了一个方法，用conda装。 conda instal...

使用Trinity进行转录组组装

weixin_33940102的博客

10-23

1138

Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据转录组组装工具，包括三个模块， Inchworn(尺蠖): 将RNA-seq数据组装成单个转录本，通常是主要转录亚型的全长转录本 Chrysalis(蛹): 这一步将上一步得到contig进行聚类，对于每个聚类构建完整...

Trinity安装全过程并解决部分报错

青苔先生的博客

06-25

6222

Trinity安装全过程并解决部分报错简单的安装方式： # Hompage : https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki # 安装 sudo apt-get install trinityrnaseq # 报错 # E: 无法修正错误，因为您要求某些软件包保持现状，就是它们破坏了软件 # 解决一: 安装指定版本的被依赖包 # 解决方法二: 使用aptitude进行安装，aptitude 会对依赖关系进行智能处理 sudo apt-ge

是转录组de novo 组装的 Trinity

05-24

Trinity是一种用于转录组de novo组装的软件，它可以将RNA-Seq数据转化为可用于进一步分析的转录本序列。使用Trinity进行de novo组装时，首先将原始RNA-Seq reads进行拼接，形成较长的连续序列（contigs），然后再将这些contigs进行聚类和合并，形成更长的转录本序列（transcripts）。最终，这些转录本可以被用于进行差异表达分析、功能注释等进一步的分析。Trinity是一个广泛使用的转录组组装软件，具有高效、准确的特点。