linux脚本中的gt,shell脚本实现转录组测序中 解压>比对-计算基因表达量 一体化...

这个脚本需要的软件有：hisat2，SRA-toolkit，samtools，htseq-count 有兴趣的同学可以自己去下载并安装好，记得要配置好环境变量！

脚本所用到的参考基因组可以从hisat2官网下载，参考基因组注释文件可以从gencode数据库下载

脚本如下#!/bin/bash#把sra文件都存放在Sra文件夹里面#参考基因组和注释文件都在hg19文件夹里面#qiujunhui 1801963472@qq.commkdir Fastq_out #创建一个存放SRA-toolkit解压sra文件的输出文件夹mkdir Sam_out #创建一个存放用hisat2比对的输出文件夹mkdir Sorted.bam #创建一个存放用samtools将sam文件排序的生成的bam文件的文件夹mkdir Counts  #创建一个存放用HTseq-count计算基因表达量的输出文件夹#批量解压文件for i in ~/Sra/*srado

echo $i

#判断sra文件时单端测序还是双末端测序

num=$(fastq-dump -X 1 --split-spot -Z $i | wc -l | grep [0-9])        if [ $num -eq 4 ];then

echo "$i是单端测序"

fastq-dump $i

mv ~/Sra/*fastq ~/Fastq_out                #用hisat2进行比对

for x in ~/Fastq_out/*fastq                do

echo $x

a=( $echo $x | cut -d "." -f1 | cut -d "/" -f5 )

hisat2 -p 5 -x ~/hg19/genome -U $x -S $a.sam

mv ~/Fastq_out/*sam ~/Sam_out                done

else

echo "$i是双端测序！"

fastq-dump --split-files $i

mkdir 1Fastq_out

mkdir 2Fastq_out

mv ~/Sra/*_1.fastq ~/1Fastq_out

mv ~/Sra/*_2.fastq ~/2Fastq.out                #用hisat2进行比对

for j in ~/1Fastq_out/*_1.fastq                do

for h in ~/2Fastq_out/*_2.fastq                        do

b=$(echo $j | cut -d "_" -f1)

c=$(echo $h | cut -d "_" -f1)                                if [ $b = $c ];then

hisat2 -p 5 -x ~/hg19/genome -U -1 $j -2 $h -S $b.sam

mv ~/2Fastq_out/*.sam ~/Sam_out                                fi

done

done

fidone#用samtools进行排序for y in ~/Sam_out/*samdo

echo $y

d=$(echo $y | cut -d "." -f1)

samtools sort -n -@ 5 -o $d.bam $y

mv ~/Sam_out/*bam ~/Sorted.bamdone#用HTseq-count进行基因表达量计算for z in ~/Sorted.bam/*bamdo

echo $z

e=$(echo $z | cut -d "." -f1)

htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m intersection-nonempty $z ~/hg19/gencode.v29lift37.annotation.gtf>$ecounts.txt

mv ~/Sorted_bam/*.txt ~/Countsdone#把不要的文件夹删除只留下counts文件夹rm -rf ~/Sra

rm -rf ~/Fastq_out

rm -rf ~/1Fastq_out

rm -rf ~/2Fastq_out

rm -rf ~/Sam_out

rm -rf ~/Sorted.bam

作者：孤独巡礼_435a

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