关于De Bruijn graph 算法说明

最新推荐文章于 2022-03-15 21:00:00 发布
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文章标签： java python
原文链接：http://www.cnblogs.com/xingzifei/p/6294072.html
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http://www.homolog.us/blogs/blog/2011/07/28/de-bruijn-graphs-i/  文章中有几个相关的文章链接，值得一看

http://homolog.us/blogs/blog/2011/07/29/de-bruijn-graphs-ii/

 

转载于:https://www.cnblogs.com/xingzifei/p/6294072.html

weixin_30273501
关注
Metagenome Assembly - Part1：基于德布莱英图（De Bruijn graph）的宏基因组de novo拼接
Emmett Diary
10-25 3594
基因组学中的一笔画问题——Reads怎么拼接成重叠群（Contigs）
Metagenome Assembly - Part2：[文献阅读] Why are de Bruijn graphs useful for genome assembly?
Emmett Diary
10-31 457
跟着欧拉的小蚂蚁一起爬吧！
De novo RNA-Seq Assembly Using De Bruijn Graphs
weixin_30838873的博客
11-09 141
De novo RNA-Seq Assembly Using De Bruijn Graphs 2017-06-12 09:42:47 59 0 0 在说基因组的拼接之前，可以考虑如下的一个问题： 假设有一摞报纸被炸成了碎片，如何利用这些碎片拼接成一份完整的信息了解那天发生的大事？ 这个问题的难点在于：必定有一部分的信息因为爆炸而消失不见，也不能简单的...
Assembly of Long Error-Prone Reads Using de Bruijn Graphs 使用de Bruijn图组装容易出错的长读取
wangprince2017
10-29 320
使用de Bruijn图组装容易出错的长读取 最近在装配长错误倾向的读码(例如由单分子实时技术产生的读码)方面的突破是基于重叠布图共识方法，没有利用de Bruijn图方法的长处来进行基因组装配。此外，这些研究通常假定，de Bruijn图方法的应用仅限于短而准确的读取，而重叠布图共识方法是组装长且容易出错的读取的唯一实用范例。下面我们将展示如何泛化de Bruijn图来装配长错误倾向的读和描述...
Dijkstra算法及其堆优化代码详解
Selenitic_G的博客
04-29 7644
迪杰斯特拉算法解决的是带权重的有向图上单源最短路径问题，该算法要求所有边的权重都为非负值，其在运行过程中维持的关键信息是一组节点集合S。算法重复从结点集V-S中选择最短路径估计最小的结点u，将u加入到集合S，然后对所有从u发生的边进行松弛，运行结束后，从源节点到集合S中每个结点之间的最短路径已经被找到。 下面，通过一个实例讲解该过程！ 1 实例讲解 如图，是一个有向无环图。 2 代码详解 在以...
测序40年——漫谈组装
adso60804的博客
10-27 317
从1977年Sanger发明“双脱氧链终止法”DNA测序技术起，基因组神秘的面纱一点一点的被揭露。 从小至几千碱基的噬菌体基因组到数百万碱基的细菌基因组，再到三十亿碱基的人类基因组，每一步都值得记录在人类探索自然、认识自身的篇章中。 而这些成果背后的重要一环——基因组组装，无疑是一个在研究中足够”美”的问题：既足够简明，可用短短的一段话来描述；又足够深刻，值得数十年的持续研究。 P...
bruijn_graph:用于基因组重组的 Bruijn 图的实现
06-01
Bruijn 图的实现应用于基因组重组。 实现是在 Python 中完成的，适用于 Python 2.x 和 3.x。 有两种实现：一种在“src”文件夹中，另一种在“old_src”文件夹中。 “old_src”文件夹中的实现是一个没有优化的旧...
de_bruijn_visualizer
07-06
综上所述，"De Bruijn Graph Visualizer"不仅是一个强大的教学工具，也是科研人员进行序列分析和算法验证的重要助手。通过JavaScript和d3.js的结合，它为理解和应用De Bruijn图提供了一种直观、动态的途径，使复杂的...
用R语言构建De Bruijn图,并通过hierholzer算法找到欧拉通路来确定DNA序列
最新发布
06-06
好的，我了解了您的问题。首先，De Bruijn图是一种图形结构，...请注意，这只是一个简单的示例代码，实际上在使用De Bruijn图和hierholzer算法进行DNA序列重构时，还需要考虑许多其他因素，例如错误纠正和重叠问题等。
基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究
wangprince2017
02-20 2213
基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究 摘要： 生物信息学主要研究分子生物学领域,而对于分子生物学领域，转录组的从头拼接又是其核心内容,即利用转录组的测序片段拼接出整个转录组中的所有表达的转录体。而RNA测序的出现，在计算上给转录组的拼接提供了一定的挑战。在目前，转录组的拼接算法主要是基于参考基因组的拼接方法与从头拼接方法。虽然基于参考基因组的方法比从头拼接方法更有突破性，不过基于参考基因组的拼接方法，仍然存在着一定的致命缺点，即为要有一个高质量的参考基因组。而从实际情况分析,绝大多数的生物根本不.
iMeta：德布鲁因图在微生物组研究中的应用(全文翻译,PPT,视频)
悟道西方
03-15 443
德布鲁因图在微生物组研究中的应用Applications of de Bruijn graphs in microbiome researchDOI: https://doi.org/10...
rust-mdbg 一款用于基因组组装的高效率软件
Xingze_Li
10-31 1788
写在前面 rust-mdbg 是一种超快的minimizer-space de Bruijn graphs (mdBG) 实现，适用于组装长而准确的读数，例如PacBio HiFi。 随着18年以来Pacbio HiFi reads的出现，让一些复杂基因组的组装不再复杂，而且有越来越多的课题组也加入到了基因组学的研究中，正是因为有了高精度长读长的reads，目前也产生了很多专门用于HiFi组装的软件，如Hifiasm，当然这篇文章的软件的算法，可以用超短时间，低内存去组装。我相信随着不断的发展，以后做组装的
使用de Bruijn graph组装基因组的时候，Kmer数为何必须是奇数呢
weixin_30918415的博客
09-29 410
因为如果kmer是偶数，我们会发现基因组上有些序列（如，CGCGCGCG， kmer=4）的Kmer在反向互补后得到的序列仍然是它自身！而这是不能允许的，因为这将导致你无法区分某段序列的kmer到底是属于它自身还是说只是来自于它的互补链！！这将会给解组装的de Bruijn graph带来极大的困难。也许你会这样问“为什么我需要纠结于序列是不是来自互补链呢？毕竟双链DNA的正反链是严格互补的啊，基...
快速递归算法遍历生成De Bruijn序列
LSEC小陆的博客
04-09 3061
matlab生成De Bruijn序列如前文所诉，若要使用傻瓜式生成De Bruijn序列，即把每一种情况都考虑一遍，那么当n=5时，恐怕你的机器都要跑将近一周。考虑到当序列前已重复时，后面变动的情况就不需要判断，可以将生成时间大大缩短。 当然，还有一些其他的想法也可以缩短时间，就不一一实现了。 直接上代码吧。 编写递归函数func.m function func() global s l n
13、基因组的拼接原理（转载沈梦圆的博客）
weixin_30298497的博客
07-12 1146
最近学习了一下基因组的拼接原理，以下是我的学习笔记和一些思考。基因组的拼接原理是高通量测序技术的基础知识吧，我个人认为即使不做基 因组拼接工作，也可以学习一下几个主流拼接软件的算法和原理。我主要是学习了两个网上教程，其教程出处为https://github.com/ TGAC/361Division/tree/master/de_novo_2016和https://github.com/...
实验一 基因组组装
wangprince2017
05-16 4603
实验一 基因组组装 一、实验目的 熟悉基因组从头组装原理及步骤 掌握velvet, minia, SPAdes等短序列拼装软件使用 熟悉用quast评价组装效果 二、基因组组装组装原理与方法 两种策略 Overlap/layout/consensus De Bruijn k-mer graphs 第一种策略主要应用在长reads组装上，如sanger测序数据和第三代测序数据，组装软件...
经典：基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理
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wangprince2017
09-28 1万+
基因组测序数据的拼接/组装 （图片来源：google） 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进行基因组拼接，是因为现在的测序技术还只能测较短...
基因组组装
wangprince2017
09-08 6335
基因组组装 前言 基因组组装(Genome assembly)是生物信息学领域的核心问题，基因组组装就是把序列测序产生的读取片段reads经过序列拼接组装，生成基因组的碱基序列。基因组组装软件可根据得到的所有读长组装成基因组。基因组组装这个步骤对于基因组分析是十分关键的，因为目前二代测序技术获得的测序序列一般都较短，需要组装拼接成较长的完整的序列用于进一步分析，例如长序列能提高物种注释分析的准确性。 宏观来说，基因组组装可以分为从头组装(De novo assembly) 和映射比对组装(mapp
高通量测序基因组拼接技术 专业名词解析
11-29 3631
Reads ： 高通量测序平台产生的序列就称为reads。   Contig ： 拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 被一些多次重复序列等不确定序列分隔。   Scaffold ： scaffold是拼接的意思，即通过构筑文库将一个个contig连接成完整的序列。 基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs
Velvet：短读序列组装的de Bruijn图算法
该算法利用de Bruijn图理论，适用于生物信息学领域中的数据挖掘。文章发表在《Genome Research》杂志上，并提供了补充研究数据和引用文献。" 在生物信息学中，组装基因组序列是一项核心任务，特别是在面对大规模...
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