python实现DNA序列字符串转换，互补链，反向链，反向互补链

 

在生物信息学分析中，经常对DNA序列进行一系列操作，包括子序列截取，互补序列获取，反向序列获取，反向互补序列获取。在python语言中，可编写如下函数完成这些简单功能。

子序列截取

python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成，例如：

>>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg"
>>> subseq = seq[1:6]
>>> subseq
"TGATA"

 

注意，切片操作是“0-base”的，包左不包右。

互补序列获取

比较常见的做法是定义一个碱基替换字典，如下所示：

def complement