利用python处理dna序列_利用Python编程提取基因组基因序列

生物技术。

DOI：

10.16660/j.cnki.1674-098X.2019.11.141

利用Python编程提取基因组基因序列

①

庞雪原 张婷婷

(东北农业大学生命科学学院 黑龙江哈尔滨 150036)

摘

要

：

当前分子细胞类中

小型实验室缺乏生物信息或编程背景研究员

，

无法对基因组进行大数据挖掘。

本文从生物信息

学角度将Python编程应用于生命科学领域，

利用循环遍历算法，

和Python特有的字典数据格式开发批量挖掘基因组上

基因序列和CDS序列的代码。

为生命科学研究提供便利。

最后将该代码实际应用于挖掘人类线粒体基因组上的全部基

因序列和CDS序列

，

并成功输出结果。

关键词：

生物信息学 Python编程 基因组 遍历算法 基因序列

中图分类号：

Q78

文献标识码：

A

文章编号：

1674-098X(2019)04(b)-0141-02

随着高通量测序的普及，

生物大数据挖掘已经成为当

前各个生命科学实验室必备技能。

对于当前国内生命科

学实验室存在的问题突出为各种中小型的分子生物学、

细

胞生物学实验室缺乏具备生物信息学或者编程背景的研

究人员。

因缺乏这类研究人员给实验室带来的不必要经

费支出与无用时间浪费的问题是不可忽视的。

例如实验室

想挖掘一个基因在基因组上具有多少个拷贝