生物数据库与在线工具

生物数据库

      生物数据库是收集自科学实验、出版文献、高通量实验技术和计算分析等生命科学信息库，它包含来自基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微阵列基因表达和系统发育学等领域的信息。

      生物数据库大致可分为序列、结构和功能数据库。序列数据库储存核酸和蛋白质序列；结构数据库储存RNA和蛋白质的结构信息；功能数据库提供关于基因产物的生理作用信息（例如，酶活性、突变表型和生物途径等）。

数据库类型

    生物数据库有两个常见的概念：一级数据库和二级数据库。一级数据库储存实验中获得数据；二级数据库使用其它数据库（例如，一级数据库）作为其信息源，然后根据需要进行处理或分析获得的结果。

 

数据库查找

       查找生物数据库的重要资源是NAR（Nucleic Acids Research，核酸研究）期刊的特刊，它将许多与生物学和生物信息学相关的公开在线数据库分类，截止2018年共收录了1737个数据库。

    NAR将所有数据库划分为15类，核苷酸序列数据库、RNA序列数据库、蛋白质序列数据库、结构数据库、基因组学数据库（非脊椎动物）、代谢和信号通路数据库、人类和其他脊椎动物基因组数据库、人类基因和疾病数据库、微阵列数据和其他基因表达数据库、蛋白质组学资源数据库、其他分子生物学数据库、细胞器数据库、植物数据库、免疫学数据库和细胞生物学数据库。

 

在线工具

      NAR除了收录生物数据库，每年还发布可用于分子生物学数据分析和可视化的网络资源。

 

表1 2017年网络资源

Web Server name	URL	Brief description
agriGO v2	http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/	GO analysis for agricultural species
AMMOS2	http://drugmod.rpbs.univ-paris-diderot.fr/ammosHome.php	Energy minimization of protein–ligand complexes
antiSMASH	http://antismash.secondarymetabolites.org/	Secondary metabolite biosynthetic gene cluster mining in bacterial and fungal genomes
ARTS	http://arts.ziemertlab.com	Biosynthetic gene cluster mining for novel antibiotics
BAR 3.0	http://bar.biocomp.unibo.it/bar3	Protein structure and function annotation
BepiPred-2.0	http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred-2.0/	B-cell epitope prediction from a protein sequence
BioAtlas	http://bioatlas.compbio.sdu.dk	Visualization of microbiome and metagenome locations
BIS2Analyzer	http://www.lcqb.upmc.fr/BIS2Analyzer/	Analysis of coevolving amino-acid pairs in protein sequences
BusyBee	https://ccb-microbe.cs.uni-saarland.de/busybee	Metagenome binning
CAFE	https://github.com/younglululu/CAFE	Stand-alone program for alignment-free comparison of metagenome data
Cancer PanorOmics	http://panoromics.irbbarcelona.org	Mapping of cancer mutations to 3D protein–protein interaction sites
COFACTOR	http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/COFACTOR/	Structure-based protein function annotation
compleXView	http://xvis.genzentrum.lmu.de/compleXView	Protein-protein interaction based on affinity purification mass spectrometry
ConTra v3	http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3	Transcription factor binding sites analysis
CPC2	http://cpc2.cbi.pku.edu.cn	Protein coding potential of RNA transcripts
CSPADE	http://cspade.fimm.fi/	Chemoinformatics bioactivity assay visualization
CSTEA	http://comp-sysbio.org/cstea/	Analysis of time-series gene expression data on cell state transitions
DEOGEN2	http://deogen2.mutaframe.com/	Prediction of deleterious mutations in proteins
DNAproDB	http://dnaprodb.usc.edu	Structural analysis of DNA–protein complexes
DSSR	http://jmol.x3dna.org	DNA and RNA structure visualization
DynOmics	http://dyn.life.nthu.edu.tw/oENM/	Protein molecular dynamics using elastic network models
EBISearch	http://www.ebi.ac.uk/ebisearch	Web services text search in EMBL-EBI data
FireProt	http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprot	Design of thermostable proteins
GalaxyHomomer	http://galaxy.seoklab.org/cgi-bin/submit.cgi?type=HOMOMER	Prediction of protein homo-oligomer structure
GASS-WEB	http://gass.unifei.edu.br/	Identification of enzyme active sites
GeMSTONE	http://gemstone.yulab.org/	Genetic variant prioritization in human disease
Gene ORGANizer	http://geneorganizer.huji.ac.il	Linkage of human genes to their affected body organs
GenProBiS	http://genprobis.insilab.org	Mapping of SNPs to prot