超级计算机中挂起是什么意思,暂停,保存到磁盘,使用PBS在超级计算机上重新启动长作业...

我需要暂停“运行脚本”,让操作系统将其状态保存到磁盘,然后通过读取该状态并继续它离开的地方。该系统是一个12核心的计算节点,共享内存为48GB,运行linux。我没有管理员权限,我使用ssh远程登录。脚本和其中的可执行文件不使用GUI,它是所有命令行,并且据我所知不需要明确的网络或套接字。 “运行脚本”(或“管道”)我的意思是一个bash脚本或Perl脚本或两者的组合,它们产生一些C/C++可执行文件,可能它们使用的是openmp并行化。或者使用gnu-parallel并行产生并行可执行文件。因此,我们不是在谈论一个单一的可执行文件,而是一系列可执行文件,它们可以并行运行,也可以按顺序运行,使用12个内核的隐式并行处理,通过多个unix命令(例如awk)粘贴在一起。暂停,保存到磁盘,使用PBS在超级计算机上重新启动长作业

我需要挂起并重新启动管道,因为调度程序(MOAB)杀死了(系统规则)运行时间超过24小时的所有作业。这个想法是暂停一个工作并重新排列它。这种技术是完全合法的。

修改可执行文件的源代码,以便它们全部保存状态,之后恢复它并不实际,因为它意味着要修改几个开源可执行文件来接受“保存状态和挂起”信号,假设ImageMagick的'转换',甚至'grep','sed','awk'和perl!此外,还有一个可执行文件是封闭源代码,没有源代码。因此,我相信我处于一种(唯一的?)实际选择是在所谓的沙箱环境中运行我的'脚本/管道'的情况,例如, QEMU(一个模拟器),希望能够发送一个信号到'休眠',通过将整个内存和CPU状态保存到磁盘(48GB不成问题)并挂起来保存所有当前正在运行的程序的状态。

我不是上述任何人的专家,所以请原谅我的术语,或者如果我说一些无效的东西。我只是素描。

回想一下:我问你们任何一个有经验的解决方案,在linux下暂停和重启复杂的脚本作业,而不诉诸修改代码来保存状态。该解决方案还应该具有相对高的计算效率,即不会浪费大量的超级计算机电源来运行仿真器。

如果您认为我上面提到的QEMU解决方案是可以的,那么请如果可以的话,举一些如何开始的例子,即从公共ISO创建一个模拟器linux映像,加载映像,运行'脚本',告诉模拟器在20小时后'挂起/休眠',然后通过从暂停状态读取它的状态来恢复模拟器。所有这些,理想情况下都是从命令行或通过脚本。

任何其他解决方案,只要它们是实用的(对于给定的设置)都是受欢迎的。

请注意:我没有管理员权限,但可以在我的homedir中安装东西,并有很多硬盘空间。此外,程序不使用GUI,它是所有的命令行,并且据我所知不需要显式的网络或套接字。

作为使用模拟器解决方案的积极副作用,将任何此类“管道”分发到实现“沙箱”/仿真器的任何操作系统(例如,mac或win),而没有复杂重新编译所有内容并安装gnu-utils,bash,boost等的过程。我发现自己多次陷入这种情况。

感谢您的帮助, bliako。

2014-02-28

bliako

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