用 phylomatic 软件生成的进化树

最新推荐文章于 2022-10-08 23:30:00 发布
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用 phylomatic 软件生成的进化树

Phylomatic是在线软件，可以利用植物名录，按照APGIII的被子植物科的拓扑结构，生成进化树。

参考 张金龙博士

工作目录
setwd("E:\\my_research\\my_scripts\\植物转录组发育进化树")
安装 plantlist
install.packages("E:/my_research/my_scripts/植物转录组发育进化树/plantlist_0.0.12.zip", repos = NULL)
引用信息 plantlist_0.0.12.zip http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=255662&do=blog&id=816837
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生成进化树是生物信息学中的一个重要应用，而 Biopython 是 Python 语言中常用的生物信息学工具包之一，可以用来处理和分析生物信息数据，包括生成进化树。 下面是使用 Biopython 生成进化树的基本步骤： 1. 安装 Biopython: 首先需要在你的计算机上安装 Biopython，可以使用 pip 命令进行安装： ``` pip install biopython ``` 2. 准备序列数据: 进化树的生成需要序列数据，可以从 NCBI 或其他数据库中获取。这里以 FASTA 格式的 DNA 序列为例： ``` >seq1 ATCGTACGATCGTACGATCGTACGATCGTACG >seq2 ATCGTACGATCGTACGATCGTACGATCGTACG >seq3 ATCGTACGATCGTACGATCGTACGATCGTACG >seq4 ATCGTACGATCGTACGATCGTACGATCGTACG ``` 3. 读取序列数据: 使用 Biopython 中的 SeqIO 模块可以读取序列数据，代码如下： ```python from Bio import SeqIO sequences = SeqIO.parse("sequences.fasta", "fasta") ``` 其中，"sequences.fasta" 是保存序列数据的文件名，"fasta" 是序列数据的文件格式。 4. 进化树构建: 使用 Biopython 中的 Phylo 模块可以构建进化树，代码如下： ```python from Bio import Phylo from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator, DistanceTreeConstructor # 计算序列之间的距离 calculator = DistanceCalculator('identity') dm = calculator.get_distance(sequences) # 构建进化树 constructor = DistanceTreeConstructor() tree = constructor.upgma(dm) # 绘制进化树 Phylo.draw(tree) ``` 其中，DistanceCalculator 和 DistanceTreeConstructor 分别用于计算序列之间的距离和构建进化树，UPGMA 算法是其中一种常用的构建进化树的方法。最后使用 Phylo.draw() 函数可以绘制生成的进化树。 以上是使用 Biopython 生成进化树的基本步骤，你可以根据具体需求对代码进行修改和优化。

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