程序包r不存在_用plantlist程序包查询和处理植物学名

1 简介

plantlist是用来查询和处理植物学名的R程序包，自2013年以来，受到很多植物学和生态学很多老师和同学的关注。R软件中，类似的程序包还有 taxize (https://cran.r-project.org/web/packages/taxize/index.html)、Taxonstand(https://cran.r-project.org/web/packages/Taxonstand/index.html)等。

相比之下plantlist的主要特点在于：

1. 使用校对过的内置数据，不需要联网

2. 优化了查询单个物种名是否为接受名的算法，速度比taxize更快

3. 查询结果所显示的信息更加简洁清晰

4. 支持用中文名批量查询学名

1.1 plantlist的主要功能

1. 批量查询植物科属，内置的数据主要来源于The Plant List网站(www.theplantlist.org/)，其中被子植物采用APGIII分类系统，同时提供维管植物每个科的编号，极大方便了植物标本的管理，方便植物名录处理等。

2. 直接生成科/属/种的列表, 以便导入Phylomatic等软件生成进化树

3. 用中文名批量查询植物学名以及科属

4. 查询学名的接受状态以及完整学名等

1.2 plantlist包内的函数

• CTPL() 用中文名查询每个种的科、属、分布、海拔、IUCN等级数据

• CTPL2() 功能与CTPL类似，但CTPL2()只读写Excel文件，而CTPL在查询时要直接输入中文字符。

• status() 查询每个学名在The Plant List 1.1数据库中的接受状态(该数据库已经放在程序包中)

• taxa.table() 基于TPL查询结果制作科、属、种列表， 以便用Phylomatic软件建立进化树

• TPL() 用学名查询目、科、属以及科在分类系统中的编号

1.3 内置数据

• acc_dat: The Plant List网站上的所有接受名

• cnplants_dat: 《中国植物名录》及每个种的科、属、分布、海拔、中国IUCN等级以及特有性等数据

• genera_dat: The Plantlist网站上的所有属名列表，因源数据有一些错误，绝大部分已经修订。

• orders_dat: Angiosperm Phylogeny Website (www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/ ) 提供的各科所属的目。

• syn_dat: The Plant List 1.1 网站的异名数据库

2 软件安装

plantlist必须要先安装R才能使用。由于plantlist内部函数CTPL2函数需要使用openxlsx程序包读取xlsx文件，所以也要安装openxlsx所依赖的Rtools以及Rcpp，并配置好启动路径才能正常使用。

2.1 安装R软件

R软件下载的地址为:(http://cran.r-project.org/bin/windows/base/)。请尽量下载最新版本的R并按照默认路径安装。因为程序运行过程中涉及UFT8字符转换，所以R版本不能低于3.0.3。

图1. R软件