treeview控件怎么使用修改发育树_PhyloSuite在手，建树不愁：从数据下载到系统发育树美化（单基因建树篇）...

系统发育分析，俗称“建树”，是科研工作中非常重要的内容之一，不管是鉴定新物种或找出不同物种间的进化关系，都离不开系统发育分析，可以说是“建树无处不在”。常规的操作步骤主要包括多重序列比对、进化模型选择和系统发育树重建等。通常情况下，完成这些流程比较费时，并且不同的步骤大都对输入数据要求不尽相同，一些关键的参数设置还需要根据实际数据进行手工调整，尤其多基因联合建树时。从获取数据(NCBI下载)到系统发育树重建的规范性以及结果的可重复性都是得出严肃科学结论的重要前提，这些不仅对于新手是一个严峻的考验，对于老手同样也不是举手投足之间可以完成的事。有鉴于此，我们开发了PhyloSuite，一款以流程化、界面化操作方式完成系统发育分析的工具套件，旨在让更多的科研工作者从这些常规的系统发育分析中解脱出来，从而有更多的时间思考科学问题。

软件下载地址

https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite/releases

引用

Zhang, D., Gao, F., Li, W.X., Jakovlić, I., Zou, H., Zhang, J., and Wang, G.T. (2018). PhyloSuite: an integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies. bioRxiv, doi: 10.1101/489088.

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为了方便用户更快上手，这里发几篇推文简单介绍一下PhyloSuite的使用。首先以一篇基于纤毛虫的51条18S序列构建系统系统发育树为例(https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1550-7408.2009.00413.x)。

1. 序列下载与准备

登录号如下：

AF164122 X65150 AY547546 U17356 EU286810
AF100301 U47620 M97909 L31520 EU039903
Z29442 U97110 EU039887 Z29438 AY007454
AF060454 AY007445 U82204 X71134 X65149
U57767 L26447 AF300281 AF530529 U17355
AY331802 AY242119 AY331790 EU286812 DQ232761
X71140 EU286811 AY331794 EU264561 EU286809
X65151 U24248 AM292311 EU039899 DQ057347
AF300286 EF123708 EU039896 L26446 U57765
Z22931 AY007450 EU264560 AY378112 DQ834370
U97112

首先是将上述 ID 下载到 PhyloSuite 的工作区(下面的①、②... 与图中相对应，下同)
①. 选择任意一个工作文件夹(这里我选的 files)；
②. 点击 Open file(s)/Input ID(s)，打开输入窗口；
③. 将上述ID复制到文本框内(支持多种空白字符隔开的 ID，包括空格、换行符、制表符等)；
④. 输入邮箱(告诉 NCBI 是谁在下载序列)；
⑤. 点击开始即可下载。

序列下载到工作区以后，我们会发现某些分类群是 N/A，表示分类群未被识别，这时候我们可以全选序列，然后右键，Get taxonomy，选择以后会有一个提示，意思是会替换当前的分类群，选 ok即开始从 NCBI 的 taxonomy 数据库爬取分类群信息并替换(关键点之一，事关后续的系统发育树美化)。

上述步骤完成后，可能还会有少部分 ID 的分类群未能识别，或者 NCBI 的分类群不属于最新的分类系统，这时可以双击对应单元格，输入正确的分类群