系统进化树-原理介绍及软件使用

--系统进化树-原理介绍及软件使用--

 

 

引自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html

 

什么叫系统进化？

系统发生分析一般是建立在分子钟基础上的。分子钟:分子序列进化是按照一恒定速率进行的，所以积累突变的数量和进化时间成一定比例，基于这个假说，发生树上的树枝长度可以用来估算基因分离的时间。

什么叫系统进化树（Phyligenetic tree）？

系统进化树是对多序列比对（MSA）结果以树形图形式的一个呈现，对于研究进化关系有很大的帮助，通过进化树分析我们也可以关键功能基因和蛋白得出一些假说。  

如上图所示，进化树可以有不同的表示形式

上图很好的反映了进化树构建的依据：1，随着物种进化的演绎，进化水平越相近的物种他们的序列越接近；2如果是由同一个物种演化过来的，分化出来的不同物种会保留共同祖先的印记，这是区别于其他的祖先的。

系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树（归于一个节点）反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。

进化树的构建

进化树的构建大体要分为3步：序列的比对，建树，然后验证。

1，序列的比对：做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW

2，构建进化树有两种基本的方法：独立元素法