GO slim

 

1. GO slim简介

GO slims are cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO. They give a broad overview of the ontology content without the detail of the specific fine grained terms.
简单地讲,GO slim 能简化 GO 的注释结果,将所有的 GO 注释归类到指定的数个 GO 功能分类上。
点击进入:GO Database Guide
点击进入:Ontology Downloads

2. 安装go-perl

方法1:

# perl -MCPAN -e shell
cpan[1]> install GO::Parser

方法2:

$ wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CM/CMUNGALL/go-perl-0.15.tar.gz
$ tar zxf go-perl-0.15.tar.gz
$ cd go-perl-0.15
$ perl Makefile.PL
$ make 
$ sudo make install

查看go-perl的说明文档

$ perldoc go-perl.pod

3. map2slim的使用

用法:

$ map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo \
gene-associations/gene_association.fb

gene_ontology.obo和goslim_generic.obo文件在Ontology Downloads中下载。
操作的对象为GAF格式文件。当然此文件可以用blast2go的专业版生成。

使用map2slim的优点是可以自己构建属于自己物种的obo文件,然后运行该程序查看所感兴趣的功能基因的数目。

4. 使用blast2go做goslim

blast2go做goslim就很简单了,但是只能使用官网所公认的几个obo文件做goslim。

转载于:https://www.cnblogs.com/wangshicheng/p/10120315.html

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值