GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。
富集分析工具
用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统的分析工具,该分类系统使用GO注释进行最新维护。PANTHER分类系统在Mi H等人,PMID:23868073中有详细说明。支持基因ID的列表可以从PANTHER网站获得。
使用GO富集分析工具
1.粘贴或键入要分析的基因的名称,每行一个或用逗号分隔。该工具可以处理MOD特异性基因名称和UniProt ID(例如,Rad54或P38086)。
2.选择GO方面(分子功能,生物过程,细胞成分)进行分析(生物过程是默认的)。
3.选择你的基因来自的物种(默认为智人)。
4.按提交按钮。注意,在后面的步骤中,您将能够上传REFERENCE(又称“背景”)列表。
5.您将被重定向到PANTHER网站上的结果。这些结果是根据你在步骤3中选择的基因组中所有蛋白质编码基因的集合的富集度得出的。
6.(可选但强烈推荐)添加自定义引用列表并重新运行分析。在结果页面顶部的PANTHER分析摘要的“引用列表”行上按“更改”按钮,上传引用列表文件,