ADNI数据

之前整理的数据相关内容

数据的模态有

Clinical Data(临床数据)
Genetic(基因数据)
MRI
PET
BIOSPECIMEN(生物样本)

各模态数据的内容、特点

Clinical Data
内容： 招聘、人口统计、体检和认知评估数据。完整的临床数据集可以作为逗号分隔值(CSV)文件批量下载

基因数据
内容： 受试者的基因分型和测序数据，数据格式：CSV，VCF，BAM
基因分型数据：

APOE Genotyping -- CSV
TOMM40 PolyT Variant -- CSV

全基因组测序数据:

WGS (GATK Call) SNV + Indel -- VCF
WGS (CASAVA Call) SNV -- VCF
Sequenced alignment data -- BAM(不可直接下载)

存在VCF数据，不过数据量都较大，是以G为单位的
VCF数据完整的表现应为：

Record(CHROM, POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER, INFO, FORMAT, sample_indexes, samples=None)

其中：

• CHROM：染色体名称，类型为str
  
• POS：位点在染色体上的位置，类型为int
  
• ID：一般是突变的rs号，类型为str。如果是‘.’，则为None
  
• REF：参考基因组在该位点上的碱基，类型为str
  
• ALT：在该位点的测序结果。是_AltRecord类的子类实例的列表。类型为list。_AltRecord类有4个子类，代表了突变的几种类型：如snp，indel，structual variants等。所有的实例都可以进行比较（仅限于相等的比较，没有大于小于之说），部分子类没有实现str