![9edd8b5a1df6e4b3961de8065230e075.gif](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/5e7f5aa6e301d8824b6e5d99a08d808e.gif)
![6d66b675345dfada2db84388d30199bb.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/c6125955f2f78015e440557307d4ffd4.jpeg)
嗨,小伙伴们大家好!这里是每周一弘毅专栏,我志向用小小文字助力你的SCI发表之路。本周继续转录因子话题,给大家带来转录因子综合数据库footprintDB,跟着弘毅的脚步一起来看看吧~!
一、数据库概览
进入footprintDB主页(http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php),可见该数据库最新版本于2020年12月2日更新,目前收录来自包括JASPAR在内的19个数据库的9350个转录因子、13682个DNA motifs和35058个DNA结合位点数据,点击侧边栏Databases可分别查看19个数据库的版本信息及其包含的转录因子数据条目统计信息。在侧边栏提供Keywords和Sequences两种检索方式。
页面下拉,可见该数据库提供两种功能,已知蛋白预测/查找DNA binding sites或DNA motifs,已知DNA binding sites或DNA motifs预测/查找转录因子。
点击侧边栏Help菜单下Documentation可以查看该数据库用户指南,有详细的关于数据库背景、检索和预测功能,以及个人数据管理等介绍。
二、数据库核心功能及操作演示
1. Search by Keywords
进入footprintDB主页,点击侧边栏Search菜单下Keywords,Demo下拉菜单展示可以输入的关键词有疾病描述、Uniprot等数据库ID和结合位点碱基序列,其中DNA binding motifs/sit