转录组组装软件stringtie

StringTie是約翰·霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组组装软件，在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因组转录组主流的组装软件。

软件的下载

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz
tar zxvf stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz

StringTie 使用说明:新版本更新之后去掉了一些参数

stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>]
  [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>]
  [-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u]
  [-e] [-x <seqid,..>] [-A <gene_abund.ou