Stringtie2——（1）安装

最新推荐文章于 2023-05-21 17:52:59 发布
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分类专栏： 生信 文章标签： 转录本 生信 Stringtie 定量
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Stringtie2——（1）安装

文章目录

一、introduction

stringTie 可以看做是cufflinks 软件的升级版本，其功能和cufflinks是一样的 ，包括下面两个主要功能

  • 转录本组装
  • 定量

相比cuffinks, 其运行速度更快。

二、GitHub下载安装

git clone https://github.91chi.fun/https://github.com/skovaka/stringtie2.git

三、编译

cd stringtie2
make release

对于de-novo 组装RNA-seq

cd SuperReads_RNA
./install.sh

四、环境变量

vim ~/.bashrc 后记得 source ~/.bashrc

#for stringtie 2022.5.5
export PATH="/share2/pub/yangjy/yangjy/softs/stringtie2:"$PATH

在这里插入图片描述

五、测试

stringtie -h

在这里插入图片描述
OK！

柚子味的羊
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miniconda安装stringtie
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要在Miniconda中安装stringtie，可以按照以下步骤进行操作： 1. 首先，确保已经安装了Miniconda。可以从Miniconda官方网站下载并安装适合您操作系统的版本。 2. 打开终端或命令提示符窗口，创建一个新的conda环境。可以使用以下命令： ``` conda create -n stringtie_env ``` 3. 激活新创建的环境。在Windows上，使用以下命令： ``` conda activate stringtie_env ``` 在Linux或macOS上，使用以下命令： ``` source activate stringtie_env ``` 4. 在激活的环境中，使用conda安装stringtie。可以使用以下命令： ``` conda install -c bioconda stringtie ``` 这将从bioconda频道安装stringtie及其所有依赖项。 5. 安装完成后，您就可以在环境中使用stringtie了。

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