R包MetaboAnalystR安装指南（Linux环境非root）

前言

这是代谢组学数据分析的一个R包，包括用于代谢组学数据分析、可视化和功能注释等众多功能。最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程，安装这个包出现了问题，于是我折腾了一上午。

这个包的介绍在：https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR，安装确实还比较复杂，依赖的东西太多太多。废话不多说，记录下安装历程。

安装过程

首先最好是已经安装了自己的R版本（非root），比如我的是R-3.5.2。然后进入R中，依照文档给的顺序依次安装：

第一步：安装依赖包

install.packages("pacman")

library(pacman)

pacman::p_load(Rserve, ellipse, scatterplot3d, Cairo, randomForest, caTools, e1071, som, impute, pcaMethods, RJSONIO, ROCR, globaltest, GlobalAncova, Rgraphviz, preprocessCore, genefilter, pheatmap, SSPA, sva, Rcpp, pROC, data.table, limma, car, fitdistrplus, lars, Hmisc, magrittr, methods, xtable, pls, caret, lattice, igraph, gplots, KEGGgraph, reshape, RColorBrewer