linux生物代谢图软件,微生物生态-代谢组分析最难安装的四个R包（Ubuntu）

前两天老板升级了组内的服务器，我换了硬盘，由于之前是ubuntu16.04 server版本的系统，R环境也是3.4,，相关R包等等版本比较旧。所以我决定重新安装一次系统并重新配置了rstudio-server环境。

3.5版本以下的运行很多新的R包或者工具已经不好用了，所以本次我安装R3.6.1版本的环境，配置了rstudio-server1.2。

R和rstudiosudo apt install apt-transport-https software-properties-common

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

sudoadd-apt-repository'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'

#更新

sudo apt update

sudo apt -y upgrade

sudo apt -y install r-base

这时候R语言成功安装到环境中了,这次我安装的是1.2版本# Ubuntu 18.04 / Linux Mint 19

sudo apt -y install wget

wget https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.2.5019-amd64.deb

sudo dpkg -i rstudio-1.2.1578-amd64.deb

安装 rstudio serversudo apt-get install gdebi-core

wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.2.5019-amd64.deb

sudo gdebi rstudio-server-1.2.5019-amd64.deb

开启服务sudo rstudio-server start

sudo rstudio-server status

在浏览器中访问http://你的IP:8787/

安装R包

在安装R包之前先安装一下几个依赖：不像conda安装R一样，这种安装方式需要配制好多dev，我这里将过程中报错并需要的dev写到这里，大家如果要安装这下面提到的几个R包，请一个别漏掉全部安装。sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

sudo apt-get -y build-dep libcurl4-gnutls-dev

sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev

sudo apt-get install libxml2-dev

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

sudo apt-get install libudunits2-dev

sudo apt-get install libgdal-devsudo apt-get install gfortran

sudo apt-get install build-essential

sudo apt-get install libxt-dev

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

sudo apt-get install libxml++2.6-dev

sudo apt-get install libssl-dev

sudo apt-get install libxml2-dev

sudo apt-get install libfontconfig1-dev

sudo apt-get install libcairo2-dev

sudo apt-get install libxt-dev

sudo apt-get install libopenmpi-dev

首先安装R包工具 BiocManager 和 devtools#instal R package meneger

install.packages("BiocManager")

library("BiocManager")

install.packages("devtools", dependencies = T)

library(devtools)

install_github("umerijaz/microbiomeSeq")

最难安装第四名：phyloseq

这个包主要是依赖特别多，中间报错往往也是dev不存在，往往安装后就好了。其实还没有devtools难装，只是devtools是R包工具，不算是专业领域R包。# install big R packages

install("phyloseq")

library(phyloseq)

最难安装第三名：microbiome

microbiome也是做微生物群落的大型软件，安装phyloseq后会减少microbiome安装所需的许多依赖，相对会容易一些，但是作为依赖的DESeq2包再我多次的安装中从来没有容易过。这里我还是单独拎出来安装。BiocManager::install("microbiome")

library("microbiome")

BiocManager::install("DESeq2")

library("DESeq2")

最难安装第二名：

microbiomeSeq是新的微生物组R包，功能有许多独特之处，后面我会做一些教程，依赖是相当多，目前还在github中开发中，好用的许多功能让我不得不先安装。这个包安装的困难程度又上了一个档次，需要手动安装许多依赖，每个依赖都可能会有独特的错误。其次还需要修改R包安装目录的权限。升级默认R包。BiocManager::install("microbiomeSeq")

library("microbiomeSeq")BiocManager::install("impute")

BiocManager::install("preprocessCore")

BiocManager::install("GO.db")

BiocManager::install("adespatial")

BiocManager::install("units")

BiocManager::install("spdep")

BiocManager::install("adegenet")

BiocManager::install("adephylo")

查看R包安装路径.libPaths()#得到所有包的文件路径

修改权限，这里我有些简单粗暴了。#在terminl中输入，讲这些路径全部可用

sudo chmod -R 777 "/home/wentao/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6"

sudo chmod -R 777 "/usr/local/lib/R/site-library"

sudo chmod -R 777 "/usr/lib/R/site-library"

sudo chmod -R 777 "/usr/lib/R/library"

最难安装第一名：MetaboAnalystR

MetaboAnalystR是MetaboAnalyst的R包版本，开发用与代谢组等多组学整合工具，依赖无敌多，但是这个包功能也是相当强悍。配套的网页工具可以先用来学习。

先说一下这个R包安装用的时间吧。大于2小时，可能要更多，编译起来相当费劲。相当多的依赖只能手动安装.可能超过100个依赖R包。

再安装完成依赖之后再本尊安装devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR")

library("MetaboAnalystR")metr_pkgs

list_installed

new_pkgs

if(length(new_pkgs)!=0){

# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

BiocManager::install(new_pkgs, dependencies = TRUE, ask = FALSE)

print(c(new_pkgs, " packages added..."))

}

BiocManager::install("systemfonts")

install.packages("Rmpi")

install.packages("Cairo")

BiocManager::install("systemfonts")

BiocManager::install("xcms")

BiocManager::install("CAMERA")

BiocManager::install("fgsea")

BiocManager::install("MSnbase")

BiocManager::install("systemfonts")# fontconfig Rmpi gdtools freetypeharfbuzz rgl vdiffr

重要错误解决

因为这两个错误你并不知道缺乏什么，所以我单独拎出来，方便查对。

Rmpi R packageconfigure: error: "Cannot find mpi.h header file" ERROR: configuration failed for package ‘Rmpi’sudo apt-get install libopenmpi-dev

error Cairo R packageconfigure: error: Cannot find cairo.h! Please install cairo (http://www.cairographics.org/)and/orssudo apt-get install libcairo2-dev

sudo apt-get install libxt-dev