转载:http://www.realbio.cn/news/124.html
https://blog.csdn.net/seallama/article/details/43820763
http://www.cnblogs.com/huangying78/p/8638506.html
1. 数据库的配置
OrthoMCL的分析需要先行建立mysql账户并建立相应的数据库。关于mysql用户的创建我们不在此进行介绍,我们以已经建立好的账户(账户名user,密码123456)为例进行操作。
A. 在linux环境下输入mysql -uuser -p123456进入mysql界面;
B. 输入create database orthomcl;建立一个名为orthomcl的空数据库用以存放分析时的中间文档;
C. 输入\q退出mysql界面。
2 软件下载
OrthoMCL的分析需要OrthoMCL软件本体和mcl软件。
OrthoMCL软件下载地址为:http://orthomcl.org/common/downloads/software/,解压缩后,其中包含文件夹:bin、config、doc、lib四个文件夹,添加bin路径为环境变量
mcl软件下载地址为:http://www.micans.org/mcl/src/mcl-latest.tar.gz;下载后使用:’./configure && make && make install’安装即可。包含发的文件是bin 、share。
3 配置OrthoMCL软件
进入安装路径下,输入:cp~/orthomclSoftwarev2.0.9/doc/OrthoMCLEngine/Main/or