mysql和ORTHOMCL_OrthoMCL及orthofinder 两种软件进行聚类分析

OrthoMCL介绍

1. OrthoMCL的用途

基于序列的相似性，OrthoMCL能将一组proteins(比如全基因组的proteins)归类到ortholog groups、in-paralogs groups和co-orthologs。

2. OrthoMCL-DB

OrthoMCL-DB包含了很多proteins，这些proteins来自一些已经完全测序的真核或原核生物的基因组。

OrthoMCL-DB将这些proteins进行了聚类，分成很多的ortholog groups。

2010.5.31，发布了OrthoMCL-DB第4版，包含 116,536个ortholog groups、1,270,853个proteins、88个真核生物基因组、16个古菌基因组、34个细菌基因组。

2011.5.31，发布了OrthoMCL-DB第5版，包含 124,740个ortholog groups、1,398,546 个proteins、150个基因组。

2013年末即将发布OrthoMCL-DB第6版。

3. OrthoMCL的两种使用方法

1. OrthoMCL-DB的官网已经将数据中的proteins进行了ortholog的聚类，其网站提供了一个工具，用于接收上传的基因组proteins，再将这些proteins group到相应的ortholog groups中。官网提供的工具Assign your proteins to OrthoMCL Groups用于进行分析。

2. 如果要对多个基因组的proteomes进行聚类，则可以使用OrthoMCL单机版的软件来进行运算。其用法详见：OrthoMCL的使用。

4. OrthoMCL算法

1. 将多个proteomes转换成orthomcl兼容