怎么用python实现序列比对_序列比对在biopython中的处理

序列比对是生物信息学分析中的常见任务，包含局部比对和全局比对两大算法，局部比对最经典的代表是blast, 全局比对则用于多序列比对。在biopython中，支持对序列比对的结果进行读写，解析，以及运行序列比对的程序。

首先来看下多序列比对，多序列比对的软件较多，比如clustalw, muscle, mafft等，输出结果的格式也很多，比如clustal, fasta, phylip等。在biopython中，为不同格式，不同软件提供了统一的接口，方便我们的使用

1. 读取多序列比对结果

通过Bio.AlignIO模块来对多序列比对结果进行读写，其中的parse方法用于从文件句柄中读取多序列比对的内容，用法如下>>>from Bio import AlignIO>>>alignment = AlignIO.parse('clustal.out', 'clustal')>>>print(alignment)>>>for i in alignment:...    print(i.id)...该方法的返回值是一个迭代器，每次迭代，返回的是一个SeqRecord对象。

2. 输出多序列比对结果

通过write方法将多序列比对的结果输出到文件中，可以指定输出文件的格式，用法如下>>> alignments = AlignIO.parse("aln.fasta", "fasta")>>> AlignIO.write(alignments, "aln.clustal", "clustal")

和Bio.SeqIO相同，针对格式