怎么用python实现序列比对_Biopython教程之“多序列比对”

原标题：Biopython教程之“多序列比对”

多序列比对(Multiple Sequence Alignment, MSA)，对多个序列进行对位排列。这通常需要保证序列间的等同位点处在同一列上，并通过引进小横线(-)以保证最终的序列具有相同的长度。

在生物信息分析中，我们有时需要进行多序列比对，Biopython可以帮我们实现，特别是使用linux系统的同学，biopython值得拥有。

两种读取方法

Biopython提供了两种方法读取多序列比对数据，即Biopython提供的AlignIO.read和AlignIO.parse模块。这两种方法跟SeqIO处理一个和多个数据的设计方式是一样的。AlignIO.read() 只能读取一个多序列比对，而AlignIO.parse()可以依次读取多个序列比对数据。

使用AlignIO.parse()将会返回一个多序列比对的迭代器(iterator)。迭代器往往在循环中使用，即使用for或while都可以逐行读取，例如：

For line in iterator：(iterator为迭代器的变量名)

在实际数据分析过程中，会时常处理包含有多个多序列比对的文件。例如PHYLIP中的seqboot，Bill Pearson的FASTA程序。如果你所遇到的文件仅仅包括一个多序列比对，你应该使用AlignIO.read()，这将返回一个MultipleSeqAlignment对象。

使用这两个函数都必须注明两个参数：

第一个参数为包含有多序列比对数据的句柄(handle)。在实际操作中，这往往是一个打开的文件()或者文件名。

第二个