用Biopython批量比对序列（环境python）

最新推荐文章于 2024-08-15 20:42:30 发布

showro_isme

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分类专栏： Biopython 文章标签： jupyter

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_48406854/article/details/128252635

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本文介绍了如何在Python环境下，利用Biopython库进行序列比对。首先确保安装了Python和Biopython，然后处理原始序列，将它们转化为可比对的文件。接着调用Biopython和clustalw2进行序列比对，批量对比7个文件并生成.aln文件。最后提出了批量可视化序列比对文件的需求，但未给出解决方案。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1、前提：已经安装了python和Biopython包

具体地点击这里

2、处理原始序列

要比对的序列A为存在“C:\Users\luowanting\Desktop” 的 Seq.txt，其内容如下

>1
MQQTTASWWTY
>2
MQQAATASWWTY
>3
MQQTTASQTWTY
>4
MQQTTASRKKTY
>5
MQQTTASGGCTY
>6
MSSATTASWWTY
>7
MAASTTASWWTY

要比对的序列模板B为存在“C:\Users\luowanting\Desktop” 的 Template.txt，其内容如下

>Template
MAASGASWWTY

首先将其处理为7个可序列比对的文件

#处理将比对的序列，2个一组
import shutil
# shutil.copyfile 复制文件
path="C:/Users/luowanting/Desktop/"
f=open(path+"Seq.txt")
seq={
   } # seq字典数据结构，name是键，seq[name]是值
for line in f