linux系统删除lammps任务,[转载]linux下 lammps的安装以及计算初步使用

好久没有用linux了，都忘记的差不多了，计算材料课设需要用此平台计算，又开始学习一下

第一步：安装g++编译器

sudo apt-get install build-essential

第二步：将lammps包拷贝到opt下

cp lammps.tar.gz /opt

第三步：解压

tar - zvxf lammps.tar.gz

第四部：在解压包中/src/STUBS/下编译

make

第五步：在/src/文件夹下编译，将会得到一个lmp_serial的可执行文件，完成任务

make serial

计算步骤：

1.利用MS进行建模，到处.car文件。此时得到两个文件：.car .mdf

2.将这个文件移动到同一个文件下，然后将lmp_serial文件也拷贝过去

3.利用msi2lmp.exe工具转化

./msi2lmp.exe 名称 -class I -frc cvff

frc文件是力场文件，在该目录下toolsmsi2lmpbiosym_frc_files

此时可以得到data文件

4.将data文件中势函数参数系数部分(pair coeffs,bond coeffs,angle coeffs,

dinedral coeffs,Improper coeffs)删除，再保存为data文件。

5.编写in文件，in文件的编写，改天再写

6.计算

./lmp_serial < in.name

msi2lmp.exe工具的生成

在此目录下编译：lammps-22Feb13toolsmsi2lmpsrc

make

注意：

在这个过程中要注意权限问题，若权限不对将无法使用某些可执行文件

查看命令：ls -l

修改权限命令： chmod

chmod的使用方法(来自于百度百科)：

u：User，即文件或目录的拥有者。

g：Group，即文件或目录的所属群组。

o：Other，除了文件或目录拥有者或所属群组之外，其他用户皆属于这个范围。

a：All，即全部的用户，包含拥有者，所属群组以及其他用户。

有关权限代号的部分，列表于下：

r：读取权限，数字代号为"4"。

w：写入权限，数字代号为"2"。

x：执行或切换权限，数字代号为"1"。

-：不具任何权限，数字代号为"0"。

s：特殊?b>功能说明：变更文件或目录的权限。