sobol灵敏度分析matlab_组织样本解离和质谱流式数据采集分析要点

背景

荧光和质谱流式技术已成功应用于表征蛋白质表型和量化多种人细胞类型的丰度，几分钟内对数十万个细胞中的数十个特征进行相对定量测量(Chattopadhyayand Roederer, 2012; Leipoldet al., 2015; Mahnkeand Roederer, 2007; Ornatskyet al., 2010; Perfettoet al., 2004; Robinson,2005)。质谱流式可以相对轻松地测量35个以上的细胞特征而受到关注(Banduraet al., 2009; Bendallet al., 2011; Bjornsonet al., 2013)。然而，由于流式细胞术需要单细胞悬浮样本，因此与快速应用于免疫学和血液癌症研究相比，质谱流式细胞术在实体瘤和组织中的应用之前发展较缓，此领域数十年来有活力的冷冻保存细胞样本已被收集并鉴定(Bendallet al., 2014; Borowitzet al., 2008; Ferrellet al., 2016a; Hardyet al., 1983; Leeet al., 1999; Parkset al., 1984; Roedereret al., 2015)。关键的局限性在于难以从实体组织将细胞制备成可行的并代表原始组织中存在的不同细胞类型的单细胞悬液。此外，尚未设计和测试质谱流式适用的抗体组以有效识别免疫系统外的细胞。直到最近，质谱流式技术才被测试并应用于实体组织和肿瘤(Digginset al., in press Leelatianet al., 2016)。这项工作的关键是开发一种Protocol，该Protocol以与通过质谱流式细胞术检测细胞表面和细胞内特征兼容的方式保留组织细胞的活力和多样性。

 表2关键参数和故障排除

该Protocol适用于通过手术提取的人体组织或解剖后分离的动物组织。为了保持组织的活力，应将样品尽快运送到实验室进行进一步准备。本文介绍的解离方案是在手术切除后30分钟至4小时之间处理的样品上测试的 (Leelatian et al., 2016)。此外，样品应在无菌PBS，合适的实验培养基或其他经过测试可保存特定组织类型的细胞活力和代表性细胞亚群的无菌运输培养基中运输。样品应完全浸没在密闭容器中的运输介质中。除非经过特别优化和验证过的其他条件，否则样品应立即在室温(〜23°C)下运输到实验室进行进一步制备。

机械解离

如“【Protocol】从人体组织和肿瘤中制备活细胞