linux下载TCGA数据,如何下载TCGA数据/TCGA数据下载小教程

1. 什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？

TCGA的全称是The Cancer Genome Atlas, 这个项目始于2005年，它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌症有关的基因突变。TCGA通过利用高通量基因组分析技术，来帮助我们更好地理解癌症的遗传学基础，从而提升我们对于癌症的诊断能力和对癌症的治疗、预防。

TCGA受美国癌症研究所(National Cancer Institute)下的癌症基因组中心和美国人类基因组研究所监管。

TCGA包括主要进行测序的基因组表征中心(genome characterization centers, GCCs)和负责测序数据分析的基因组数据分析中心(genome data analysis centers, GDACs)，到目前为止TCGA共有39种癌症的相关测序数据，涉及29种癌症器官，1万多个肿瘤样本，27万多份文件。

• 那么可以从TCGA中下载到哪些类型的数据呢？

TCGA的数据类型主要有以下几种：

(1) Clinical: 包括病人的一般情况、诊治情况、TNM分期、肿瘤病理、生存情况等。

(2) mRNA表达数据: 通过mRNA芯片或者RNAseq测得的mRNA表达量

(3)microRNA: microRNA芯片或者microRNA-Seq测得的microRNA表达量

(4) Copy number variation: SNP芯片得到的肿瘤组织比对正常组织的染色体上各片段的比值

(5) Mutation: 肿瘤组织测序结果相对参考基因组的核苷酸突变，包括插入和缺失等变化

(6) Protein: 蛋白芯片测序得到的约200种常见癌症相关蛋白的表达量

(7) Mythelation: 甲基化芯片测得的DNA甲基化数据，主要为27和450两种芯片