与rms_R语言_rms包安装

为了学习,今日一大早就安装R包,其中遇到两个老大难的问题,安装一直报错,换各种方式都不行:R版本、CRAN、install.packages、BiocManager::install都试了,还是不,决问题。找遍网络,谢谢前辈的分享。

1.rms包

安装这个包,最开始报错:未下载Hmisc、latticeExtra包;然后就开始下载Hmisc、latticeExtra包,其中下载latticeExtra包时遇到问题2。这两个包都下载好了,想着该消停了,装rms包吧,谁料,又出了问题1,解决了问题1,再次下载才成功。

报错如图

36ff150d477dc622792b07449adbf04b.png

处理方式:按照错误提示的路径,找到00LOCK删除它。然后再次下载包,就成功。

2.latticeExtra包

这个报错很多,原因也只顾着下载忘了截图,下次有问题有赶快截图。

解决的方式:参照了网上大牛的方法install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6.2/latticeExtra_0.6-29.zip", repos=NULL,type="source")

其实上面这个代码也不太顺利,最终怎么好的我也不知道,反正一通捣鼓就好啦。

再次感谢两位大牛的分享:

R编辑包运行常见问题

R包安装出错,提示package‘latticeExtra’isnotavailable(forRversion3.5.1) 的解决方法。(一个生信小白的血泪史)


学习的过程就是分享的过程,分享的过程也是交流的过程,交流的过程就是进步的过程。

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COX回归分析和nomogram是生存分析中常用的方法,R语言中有丰富的生存分析,可以轻松实现这些分析。 首先需要安装并加载生存分析`survival`和`rms`,可以使用以下命令: ``` install.packages(c("survival", "rms")) library(survival) library(rms) ``` 接下来,我们可以使用`coxph()`函数进行COX回归分析。以lung数据集为例,该数据集含了228名肺癌患者的生存时间和一些基本信息,我们可以使用如下代码进行COX回归分析: ``` data(lung) fit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + wt.loss, data = lung) summary(fit) ``` 其中,`Surv()`函数用于定义生存时间和事件,`time`表示生存时间,`status`表示生存状态(0表示存活,1表示死亡)。`age`、`sex`、`ph.ecog`、`wt.loss`为预测变量,可以根据实际情况进行修改。 输出结果中,`coef`列为每个预测变量的系数,`exp(coef)`列为各个预测变量的风险比(即相对危险度),`p`列为各个预测变量的显著性检验结果。 接下来,我们可以使用`nomogram()`函数生成nomogram图。nomogram图是一种直观的预测工具,可以根据个体的相关变量快速计算其生存概率。以上述COX回归分析结果为例,我们可以使用如下代码生成nomogram图: ``` nom <- nomogram(fit, fun = function(x) 1 - plogis(x), funlabel = "Survival Prob", predictor = TRUE, lp = TRUE) plot(nom) ``` 其中,`fun`参数用于定义生存概率函数,`funlabel`参数为生存概率函数的名称,`predictor`参数表示是否显示预测变量,`lp`参数表示是否显示线性预测(linear predictor)。 生成的nomogram图中,每个预测变量有一个刻度,每个刻度上有一个分数,可以通过将每个预测变量的分数相加,再在nomogram图中找到对应的总分数,即可得到该个体的生存概率。

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