R语言rms包应用shiny和函数

option的环境问题

rms包功能强大,有解决自变量存在的非线性关系等功能。在用的之前会需要使用datadish和option两个函数对数据进行一定的参数估计以达到高效的对模型进行估计。通常使用

dd <- datadist(data) #程序设定数据环境
options(datadist='dd') #为程序设定数据环境

以上两句对程序环境进行设计。针对函数和shiny时函数和shiny的运行环境是独立的,在option步进行的环境设置是针对全局环境的。直接使用上述语句会显示找不到dd数据集导致没有办法正确运行。[was: Error in Design package: dataset not found for options(datadist)]

此时就需要针对环境问题对上述语句进行调整。

dd <- datadist(data) #程序设定数据环境
options(datadist=dd) #为程序设定数据环境

这样可以默认读取当前环境下的dd改变环境中存储的参数!

希望可以帮到大家

### 如何在 R 语言中成功安装 `rms` 为了确保能够顺利安装并使用 `rms` ,可以按照以下方法操作: #### 方法一:更新 R CRAN 镜像源 如果遇到安装失败的情况,可能是由于使用的 R 版本过旧或者镜像源不稳定引起的。可以通过设置最新的 CRAN 源来尝试重新安装。 ```r install.packages("rms", dependencies = TRUE, repos = "https://cran.r-project.org/") ``` 此命令会从官方的 CRAN 存储库下载最新版本的 `rms` 及其依赖项[^1]。 #### 方法二:解决依赖冲突问题 有时安装失败的原因可能是因为某些依赖未正确加载或存在版本不兼容的问题。在这种情况下,建议逐一安装所需的依赖后再安装 `rms` 。 以下是常见的依赖列表以及对应的安装方式: - 安装 `Hmisc`: ```r install.packages("Hmisc") ``` - 安装 `survival`: ```r install.packages("survival") ``` 完成上述依赖的安装后,再运行以下命令安装 `rms` : ```r install.packages("rms") ``` #### 方法三:通过 Bioconductor 或 GitHub 获取开发版 如果仍然无法解决问题,则可以选择安装来自其他渠道(如 Bioconductor 或 GitHub)上的开发版本。例如,可以从 Frank Harrell 的 GitHub 资源获取最新版本的 `rms` 。 执行如下代码以安装开发版: ```r if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) { install.packages("devtools") } library(devtools) install_github("harrelfe/rms") ``` 这种方法适用于需要测试新功能或修复已知 bug 的场景[^2]。 #### 方法四:排查错误日志 当以上方法均不可行时,应仔细查看具体的错误提示信息。通常,R 控制台会在安装过程中显示详细的错误原因。根据这些线索定位具体问题所在,并采取针对性措施加以处理。 --- ### 示例代码片段 下面是一个完整的例子展示如何加载数据集并通过 `rms` 构建 Cox 回归模型: ```r # 加载必要的库 library(rms) # 创建示例数据框 (假设名为 smoke) data(smoke) # 计算 datadist 并将其赋给选项变量 'dd' dd <- datadist(smoke) options(datadist = "dd") # 构建带有样条函数的 Cox 比例风险回归模型 fit <- cph(Surv(time, status == 1) ~ rcs(age, 4) + gender, data = smoke, x = TRUE, y = TRUE) # 打印拟合结果摘要 print(fit) ``` 注意,在实际应用前需确认所用的数据结构与字段名称匹配实际情况。 ---
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