常见的绘制热图的方法有很多,如可用R包,OmicSare tools的热图工具,Heml等绘制。那么常规的科研作图软件 Origin 能不能绘制热图呢?今天就用Origin尝试下绘制热图。
数据准备
本文的示例数据使用周老时在《》一文中所用的数据,是一个包含20个样本,30个基因的表达量的“数据框”,通过点击阅读原文可到OmicSare论坛下载。
将数据复制粘贴到Origin中后,计算样本两两之间的相关系数(当然也可以将数据转置后计算基因间的相关系数),具体方法见下面的动图。
计算结果会在新的Sheet中给出相关系数矩阵,以及对应的p-value值等,如下图,而本文主要用其中的相关系数矩阵。
热图绘制
Origin表格的与Excel的表格相类似,选中相关系数矩阵表中的数据部分,通过Plot\Contour\Heat Map(见下图)进入数据选择窗口。
然后,在数据选择窗口确定X轴和Y轴标签所对应的数据,主要的参数设置见下图。
点击OK按钮,即可获得初步的绘制结果,见下图。
下面开始为每个“格子”添加数据标签。
由于这一版本无直接添加标签的功能,这里需要“间接”的方法。思路是为每个“格子”添加与之对应的数据点&