药物设计的计算机模拟,在现代药物设计中,计算机模拟是一种重要的方.doc

在现代药物设计中,计算机模拟是一种重要的方

在现代药物设计中，计算机模拟是一种重要的方法，使用高性能计算机辅助药物设计得到了广泛应用，其总体趋势是计算精度越来越高，与实验结合日趋紧密。分子对接典型软件 分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程，在药物设计中有十分重要的意义。典型的分子对接软件有： 1、DOCK是Kuntz研究小组发展的分子对接程序，可能是目前应用最为广泛的分子对接程序之一。软件免费，在2006年12月发布了6.1版本。DOCK可以自动地模拟配体分子在受体活性位点的作用情况，并把理论预测最佳的方式记录下来。而且该方法能够对配体的三维结构数据库进行自动搜索，因此被广泛应用于基于受体结构的数据库搜索的药物设计中，并取得了巨大的成功。 2、AUTODOCK是Scripps的Olson科研小组开发的分子对接软件包，AUTODOCK采用模拟退火和遗传算法来寻找受体和配体最佳的结合位置，用半经验的自由能计算方法来评价受体和配体之间的匹配情况。软件免费，2007年发布了Version 4。在AUTODOCK中，配体和受体之间结合能力采用能量匹配来评价。在1.0和2.0版本的软件中，能量匹配得分采用简单的基于AMBER力场的非键相互作用能。非键相互作用来自于三部分的贡献:范得华相互作用，氢键相互作用，以及静电相互作用。在3.0版中，AUTODOCK提供了半经验的自由能计算方法来评价配体和受体之间的能量匹配。 3、FIexX 是德国国家信息技术研究中心生物信息学算法和科学计算研究室的Matthias Rarey等发展的分子对接方法，现在己经作为SYBYL分子模拟软件包中的一个模块实现了商业化。FIexX中结合了多种药物设计的方法进行配体和受体之间的对接。在FIexX中，配体和受体之间结合情况的评价采用了类似Bbhm提出的基于半经验方程的自由能评价方法。 4、Afinity是Accelrys MSI 和杜邦联合开发的分子对接方法，也是最早实现商业化的分子对接方法。Afinity中提供了多种分子对接的策略，可以根据用户的需要提供多种方法的组合。

分子对接软件对计算平台的需求 包括DOCK在内的主要分子对接软件都可以支持并行计算(MPI接口)，并且具有较高的并行效率，可以在上百个处理器上实现较好的并行性能。 分子对接软件对计算平台的需求归纳为： 1、较高的并行计算能力，理想的处理器核心数目为上百个； 2、较高的内存需求，每个处理器核心配置1GB比较好； 3、较高的IO需求； 分子对接对高性能计算机有较高的要求，对于大规模的高性能计算机而言，刀片集群是一种理想的选择。

曙光刀片集群是分子对接应用的适宜平台 刀片集群不仅具有集群系统所具有的普遍优势，并且可以很好满足现代高性能计算平台对计算密度、性能效率、运营费用、高可靠、易管理等方面更高要求。曙光刀片集群系统是分子对接药物设计应用的合适平台，刀片集群可以较好满足分子对接应用的性能需求，而且更加符合现代高性能并行计算机的发展趋势和用户使用要求，可以为用户带来全面的提升和收益。曙光刀片集群系统与众多分子对接软件有着良好的兼容性。经过实际测试，多种分子对接软件可以在曙光刀片集群系统上获得优异的性能。使用曙光TC2600刀片，可以在7U的空间内部署80个处理器核，轻松构建大规模集群系统，满足分子对接应用的并行计算需求； 曙光TC2600每个计算刀片板载8个DIMM内存槽，可以配置高容量内存，满足分子对接应用对内存的需求；TC2600刀片的IO设计保证了每个刀片可以获得较高的IO性能，适合IO吞吐量较大的分子对接应用，有效解决了系统性能瓶颈，保证了整个系统性能的发挥。

系统拓扑图