go分析和kegg分析_转录组入门第九课之GO富集和KEGG分析

  前些日子，由于各种原因，没想写公众号，其实也不是没有时间，就是一旦一件事情有一天没去做，就觉得其实也可以明天做，明天又觉得做不做都行，再过几天，就可能不去做了。所以，有些时候还是要定个计划和目标的，不管有没有意义，不管做多做少，就像吃饭一样，每天吃多吃少还是要吃点的。

今天我们把转录组的差异基因通过Go富集和kegg分析，看看他们是不是真的是差异表达基因。

1.Go富集分析

  由于稻瘟病菌没有完整的Go号和orgdb库，需要自己建一个。

第一步首先需要稻瘟病菌MGG基因号和对应的Go号，这个可以在http://geneontology.org/中获取，但不是很全，还有可以通过序列比对找到其他物种的Go号，总之不管用什么方法，找的号越全，差异分析越全。这里通过以前专业分析的数据爬取了4万+个Go号，应该是很全的了。

比如从这个excel中提取MGG对应的Go号

代码如下

import ref =open('CC.csv','w')for line  in open('Expression.csv','r'):        BF = line.split(',')[1]    CC = line.split(',')[2]    MF = line.split(',')[3]    BF = CC    if BF != '':       # print(BF)        if '///'  in BF:            MGG = line.split(',')[0]            l = BF.split('///')            for s in l:                go = re.search(r'\d{7}',s.strip(