[生物信息比对软件列表]

最新推荐文章于 2022-03-05 17:16:57 发布
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常用的比对软件列表

软件

发表年代

PMID

SOAP

2008

18227114

Maq

2008

18714091

BWA

2009

19451168

Bowtie

2009

19261174

NovoAlign

2009

 

Subread

2013

23558742

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weixin_33802505
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生物信息百Jia软件（九）：Mummer
xxxie_的博客
08-05 5614
欢迎订阅微信公众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑QQ群：32798724 mummer具有一定的历史了，应该最早发表于1999年，是最早的全局比对软件，因为之前序列都比较短，以局部比对软件为主。mummer的出现，让我们第一次能够比较到不同物种两个完整基因组之间的差别。mummer里面的小工具比较多，有很多非常好用的小工具，例如dnadiff，但这同时也增加了学习成本。mummer的...
【MATLAB生信分析】MATLAB生物信息分析工具箱（二）
W_LAILAI的博客
11-12 3635
AlignMultipleSequencesExample.m 蛋白质序列-多重比对： 使用“GONNET”评分矩阵计算每一对序列之间的两两距离 使用非加权平均距离(UPGMA)构建系统发育树 使用PAM家族计分矩阵进行渐进式比对 AlignQuerySequenceToProfileUsingHMMModelAlignmentExample.m ...
分析hhr文件
qq_41858644的博客
12-14 423
文章目录一、使用步骤1.Summary hit list 分析hhr文件 一、使用步骤 1.Summary hit list 列表按 ‘Prob’ 排列。 No：模板索引 Hit：模板名称 Prob：模板是一个true positive的概率。对于一个true positive，考虑了ss列的二级结构得分，以及Score列的原始得分。true positives被定义为 ...
短序比对工具简介bowtievs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign
海骆驼的沙漠
12-27 3961
有趣的是，大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因（BGI， Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Science）是中国NGS测序技术的摇篮。 速度上较有优势的short read（短序）比对工具最早出现的是SOAP（表1）。它很好地解决了一个问题，那就是如何在小内存（4G）的机器上将短序比对至人类
MATLAB+7X生物信息工具箱的应用
03-13
matlab中的生物信息学工具箱在基因芯片方面的应用
分子生物学 序列比对 引物设计软件 DNAMAN 9 英文注册版
06-13
分子生物学 引物设计软件 DNAMAN 9 英文注册版 ************************************************** 1. 先点击Setup.exe安装原版，完成先不要运行DNAMAN； 2. 复制DNAMAN.exe 复制到安装目录下（默认目录为C:\...
这是一款专门用于序列比对的软件。 由于其序列比对显示的结果非常清楚，很多文献中的序列比对结果正是通过DNAMAN来呈现的。
05-04
DNAman是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包括多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。DNAMAN的速度，多...
生物信息学 - 分析DNA序列数据，如基因序列比对或进化树构建
06-24
- **ClustalW**: 这是一款多序列比对软件，适用于更复杂的情况，例如需要同时比较多个序列的场景。ClustalW采用逐列构建比对的方式，能够有效地处理多个序列的比对问题。 **1.2 比对的应用** - **识别基因家族**: ...
论文研究 - BioAnalyzer：用于分析基因组数据的常用工具的生物信息学软件
05-22
生物分析仪提供数据分析的一般方面，例如处理核苷酸数据，获取不同的数据格式信息，NGS质量控制，数据可视化，执行多序列比对和序列BLAST。 这些工具接受通用的生物数据格式，并且可以将人类可读的输出文件存储在...
snap gene比对序列
08-28
挺不错的序列比对软件，大家可以用一下！真的很好，很好
【生信】生物序列比对
weixin_40695088的博客
02-09 9053
1、生物序列比对介绍 2、序列比对算法 基于全局匹配的算法 （1）打分矩阵 （2）动态规划算法 （3）Needleman-Wunsch算法 基于局部匹配的算法 Smith-Waterman算法 Smith-Waterman算法与Needleman-Wunsch算法的区别 启发式搜索算法 BWT（(Burrows–Wheeler_transform)）算法 3、多序列比对介绍
【生信MOOC】生物序列比对工具——多序列比对
热门推荐
weixin_40695088的博客
03-05 1万+
【生信MOOC】生物序列比对工具2——多序列比对 1、多序列比对的定义和用途 2、多序列比对的要求 3、多序列比对工具——EMBL - Clustal Omega 4、多序列比对工具——EMBL - TCOFFEE - Expresso 5、多序列比对的保存格式 6、多序列比对结果编辑——jalview 7、寻找保守区域：序列标识图 WebLogo 8、寻找保守区域：序列基序 MEME 9、寻找保守区域：PRINTS 指纹图谱数据库
双序列比对的基础之PAM矩阵
weixin_43770577的博客
01-27 6421
双序列比对的基础之PAM矩阵  PAM矩阵的记分方法是基于蛋白序列中单点可接受(point accepted mutation, PAM)的概念，通过对蛋白质进化模式的研究而建立的。 PAM矩阵是由Dayhoff等人构建了与71个家族的序列关联的假想系统发育树，其中每对序列间的差异不超过它们残基总数的15%，用简约法建树，统计相似序列比对中的替换发生率来得到的。即，构建一个序列间相似度很高(通常...
比对软件 - 专题
weixin_34112181的博客
12-20 301
An illustration of relationships between alignment methods. The applications / corresponding computational restrictions shown are (green) short pairwise alignment / detailed edit model; ...
生物基础知识---CDS，基因，Matlab生物信息工具箱
SN的博客
11-21 1万+
1.CDS（Sequence coding for aminoacids in protein）蛋白质编码区 2.每个基因中都有编码区与非编码区,其中真核生物编码区又含有外显子与内含子,但真核生物的基因中也有无内含子的例外.如组蛋白基因和干扰素基因就没有内含子.编码区为编码蛋白质的有效基因片段.非编码区不编码蛋白质。　　 3.编码区是细胞DNA的一部分，基因分为:编码区，非编码区。编码区是指能够转...
二代测序的比对算法
小猪打呼噜
10-11 1218
现在主流的比对软件不下十种，但按照核心算法区分，其实可以拆分成为两大阵营： 1.基于哈希表（hash-table）数据结构的比对算法 2.Burrows Wheeler transform（BWT）索引数据结构的比对算法 首先，我们来了解一下第一类比对算法 hash-table的核心思想就是采用种子序列定位及延伸算法（seed-and-extend algorithm） 根据索引构建对象的不同，可以分为两类，第一种，基于参考基因组（reference genome）索引的的延伸比对 通过
基于java的校园美食交流系统设计与实现.docx
最新发布
09-19
基于java的校园美食交流系统设计与实现.docx
#_ssm_126_mysql_实习支教中小学学校信息管理系统_.zip
09-19
均包含代码，文章，部分项目包含ppt
生物信息学实用：序列预处理与比对工具详解
在序列比对方面，提供了多种全局比对软件（如ClustalW、MUSCLE和HMMER），以及局部比对工具如BLAST、BLAT、BLASTZ、GeneWise、Exonerate和Sim4，帮助用户深入研究序列间的相似性。 基因组和基因注释是核心内容，...
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