生物信息百Jia软件（九）：Mummer

最新推荐文章于 2024-08-16 08:03:42 发布

基因学苑

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分类专栏：生物信息软件

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MUMmer是一款快速的全局比对软件，适用于基因组间的差异分析和共线性研究。通过nucmer和promer工具，它能在DNA和氨基酸水平进行比对，找出SNPs和染色体变化。软件包含多个工具，如dnadiff和show-diff，便于处理比对结果。适用于大规模基因组比对和SNP检测。

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mummer具有一定的历史了，应该最早发表于1999年，是最早的全局比对软件，因为之前序列都比较短，以局部比对软件为主。mummer的出现，让我们第一次能够比较到不同物种两个完整基因组之间的差别。mummer里面的小工具比较多，有很多非常好用的小工具，例如dnadiff，但这同时也增加了学习成本。mummer的比对速度比较快，我经常用来比较两个完整的基因组。

一、功能分类：
全局比对软件

二、软件官网：
http://mummer.sourceforge.net/

三、软件介绍:
MUMmer是TRIG在1999年开发的，经历了多个版本的更新，现在最新的版本是3.0，Mummer的一个最大特点就是比对速度非常快，对资源的消耗比较少，官方的给出的数据是两个5M左右的基因组，只用20秒左右的时间就可以比对完成，消耗的内存大约是90M，它是使用一种后缀树的算法。适合台式机水平的计算机来做大型基因组之间的比对。那么在实际使用过程中，Mummer确实比对的比较快，对资源消耗也比较小。
Mummer官网介绍该软件是一个多才多艺的软件包，因为它可以完成生物数据分析中很多的功能。Mummer其实是一个软件包，里面包含了很多工具，这些工具搭配起来使用，可以完成非常多的工作。例如基因组比对，共线性分析，同源序列搜索，重复序列查找，SNP和Indel检测等。

四、下载安装：