smrt analysis 软件安装

pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来，做成了一个在线的分析软件，类似于galaxy;

安装过程如下，参考官网给的指导手册 

http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf

1）首先下载安装包：

wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.3.0/ smrtanalysis_2.3.0.140936.run

2） 创建一个用户，用于smrt 分析

useradd -G smrtanalysis -p 123456 smrtanalysis

3) 切换到新建的用户，进行安装

su smrtanalysis

4) 设置环境变量

在系统的配置文件中添加下面几个环境变量， 编辑 /etc/bashrc 文件

SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis/
SMRT_USER=smrtanalysis
SMRT_GROUP=smrtanalysis

修改完之后，记得  source /etc/bashrc 

5） 安装

bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run  --rootdir $SMRT_ROOT

在安装过程中，会提示一系列需要修改的信息，比如IP地址， 端口号等，对应的选择就好

6） 启动服务

$SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start
$SMRT_ROOT/admin/bin/kodosd start 

在浏览器中输入对应的网址，记得加端口号， 比如我的网址是http://192.168.0.6:8080/ ， 如果看到下边这个界面，就证明安装成功了；

pacbio 官方的文档还是特别的详细的，按照官网的来基本不会有什么问题

需要注意的是，很多smrt analysis 中集成的软件是不提供独立安装的，只能通过安装smrt  analysis 软件来获取对应的软件，比如HGAP

当我们想要通过命令行访问对应的程序时，可以通过下面的方式

su  smrtanalysis
source  /opt/smrtanalysis/install/smrtanalysis_2.3.0.140936/etc/setup.sh

source 完之后，一些smrt analysis 集成的软件就可以通过命令行访问了，比如 h5dump 查看h5 文件的内容