R的plot 既可以绘制点，也可以绘制直方图，还可以绘制箱线图，感觉的确很智能。

> b <- c("P", "P", "P" ,"Q", "Q", "Q")
> c <- c("TQ","AQ","CQ","BQ","XQ", "XQ")
> a <- c("A","B","C","D","E","F")
> ct <- c(6,7,3,6,1,9)


> ca <- data.frame(a,b,c, ct)


> plot(ca$a, ca$b, yaxt="n", axes=F)
> plot(ca$b, ca$c, yaxt="n", axes=F)
> plot(ca$b, ca$ct, yaxt="n")
> plot(ca$a, ca$ct, yaxt="n")

## 第二个例子

> r
    a    b
1 1.0 1.00
2 1.5 1.25
3 2.0 1.50
4 2.5 1.75
5 3.0 2.00
6 3.5 2.25
7 4.0 2.50

> barplot(as.matrix(r), col=rainbow(9))


> barplot(as.matrix(cumsum(prop.table(r))))
> barplot(as.matrix(prop.table(r)))

> mr <- as.matrix(r)

> prop.table( mr, margin =2)
              a          b
[1,] 0.05714286 0.08163265
[2,] 0.08571429 0.10204082
[3,] 0.11428571 0.12244898
[4,] 0.14285714 0.14285714
[5,] 0.17142857 0.16326531
[6,] 0.20000000 0.18367347
[7,] 0.22857143 0.20408163
> barplot(prop.table( mr, margin =2))

 ## 第三个例子

> data <- read.table("output.txt", header=T, row.names = 1)                                                                     
> mt <- t(as.matrix(data))                                                                                                         
> head(mt)
      0-0.025 0.025-0.05 0.05-0.075 0.075-0.12 0.12-0.2 0.2-0.5 0.5-1.5 1.5-3
A0.6   357616        597         77         18        0       0       0     0
A0.4   189028       1089        101         38        2       0       0     0
A0.25  255902       2422        269         50        5       4       0     0
A0.1   130322       1554        192         34       10       0       0     0
A0          0          0          0          0        0       0       0     0
      3-5 5-10
A0.6    0    0
A0.4    0    0
A0.25   0    0
A0.1    0    0
A0      0    0
              

> pdf("TT1.pdf")
> barplot(prop.table( mt, margin = 2), col=heat.colors(5))                                                                         
> dev.off()                                                                                                                   
null device 
          1



另外发现一个绘制热图的 function

# ----- Define a function for plotting a matrix ----- #
myImagePlot <- function(x, ...){
     min <- min(x)
     max <- max(x)
     yLabels <- rownames(x)
     xLabels <- colnames(x)
     title <-c()
  # check for additional function arguments
  if( length(list(...)) ){
    Lst <- list(...)
    if( !is.null(Lst$zlim) ){
       min <- Lst$zlim[1]
       max <- Lst$zlim[2]
    }
    if( !is.null(Lst$yLabels) ){
       yLabels <- c(Lst$yLabels)
    }
    if( !is.null(Lst$xLabels) ){
       xLabels <- c(Lst$xLabels)
    }
    if( !is.null(Lst$title) ){
       title <- Lst$title
    }
  }
# check for null values
if( is.null(xLabels) ){
   xLabels <- c(1:ncol(x))
}
if( is.null(yLabels) ){
   yLabels <- c(1:nrow(x))
}

layout(matrix(data=c(1,2), nrow=1, ncol=2), widths=c(4,1), heights=c(1,1))

 # Red and green range from 0 to 1 while Blue ranges from 1 to 0
 ColorRamp <- rgb( seq(0,1,length=256),  # Red
                   seq(0,1,length=256),  # Green
                   seq(1,0,length=256))  # Blue
 ColorLevels <- seq(min, max, length=length(ColorRamp))

 # Reverse Y axis
 reverse <- nrow(x) : 1
 yLabels <- yLabels[reverse]
 x <- x[reverse,]

 # Data Map
 par(mar = c(3,5,2.5,2))
 p_w_picpath(1:length(xLabels), 1:length(yLabels), t(x), col=ColorRamp, xlab="",
 ylab="", axes=FALSE, zlim=c(min,max))
 if( !is.null(title) ){
    title(main=title)
 }
axis(BELOW<-1, at=1:length(xLabels), labels=xLabels, cex.axis=0.7)
 axis(LEFT <-2, at=1:length(yLabels), labels=yLabels, las= HORIZONTAL<-1,
 cex.axis=0.7)

 # Color Scale
 par(mar = c(3,2.5,2.5,2))
 p_w_picpath(1, ColorLevels,
      matrix(data=ColorLevels, ncol=length(ColorLevels),nrow=1),
      col=ColorRamp,
      xlab="",ylab="",
      xaxt="n")

 layout(1)
}
# ----- END plot function ----- #


ref：http://www.phaget4.org/R/p_w_picpath_matrix.html