r语言导入ggplot2_R语言学习指南(5) ggplot2绘制终极版热图

由于热图的需求实在是太过于旺盛，这一节我们先来展示如何通过ggplot2绘制热图，各位看官老爷们，细细品味

热图绘制

pacman::p_load(tidyverse,reshape2,aplot,ggtree)

heatmap % scale(center = F) %>% 
  as.data.frame() %>% 
  mutate(mtxars=row.names(.)) %>% melt() %>%
  ggplot(aes(variable,mtxars,fill=value))+
  geom_tile()+theme_minimal()+
  theme(axis.text.x =element_text(angle =90,hjust =0.5,vjust = 0.5))+
  scale_fill_viridis_c()+scale_y_discrete(position="right")+
  xlab(NULL) + ylab(NULL)
heatmap

scale函数对数据进行标准化时会同时进行标准化与中心化,设置center = F,则不进行中心化， 标准化后数据类型则变为矩阵与数组，通过as.data.frame()将其转化为数据框，mutate添加行名，reshape2包提供melt函数将宽表转为长表

melt()转换宽表为长表

library(ggpubr)
library(patchwork) 
p1 % scale(center = F) %>% 
  as.data.frame() %>% 
  mutate(mtxars=row.names(.)) %>% 
  select(qsec:mtxars) %>% head() %>%
  ggtexttable(rows = NULL,theme = ttheme("mBlue"))

p2 % scale(center = F) %>% 
  as.data.frame() %>% 
  mutate(mtxars=row.names(.)) %>% 
  select(qsec:mtxars) %>% head() %>% melt() %>% head() %>%
  ggtexttable(rows = NULL,theme = ttheme("mBlue"))
  
p1/p2

绘制样本分组信息条

group % as.data.frame() %>% 
  mutate(group=rep(LETTERS[1:2],times=c(6, 5))) %>%
  mutate(p="group") %>%
  ggplot(aes(.,y=p,fill=group))+
  geom_tile() + 
  scale_y_discrete(position="right") +
  theme_minimal()+xlab(NULL) + ylab(NULL) +
  theme(axis.text.x = element_blank())+
  labs(fill = "Group")

注：此处的分组信息为随意构建的，实际应用时读入具体分组文件即可

绘制基因类型条

type % as.data.frame() %>%
  mutate(group=rep(c("gene1","gene2","gene3"),
                   times=c(10,12,10))) %>%
  mutate(p="genetype") %>%
  ggplot(aes(p,.,fill=group))+
  geom_tile() + 
  scale_y_discrete(position="right") +
  theme_minimal()+xlab(NULL) + ylab(NULL) +
  theme(axis.text.y = element_blank(),
        axis.text.x =element_text(
          angle =90,hjust =0.5,vjust = 0.5))+
  labs(fill = "Type")

绘制聚类树

p % scale(center = F) %>% as.data.frame()

phr % 
  ggtree(layout="rectangular",branch.length="none")

phc % 
  ggtree() + layout_dendrogram()

注：由于热图为标准化后的数据绘制，因此此处也用其绘制行聚类与列聚类树

aplot包对5组图进行拼图

heatmap %>%
  insert_left(type, width=.05) %>%
  insert_left(phr, width=.2) %>%
  insert_top(group, height=.05) %>%
  insert_top(phc, height=.1) 

下一节将进行相关性热图的讲解