我正在尝试生成 plotly heatmap ,我希望颜色由离散比例指定 .
这就是我的意思:
使用2个集群生成数据并对其进行分层聚类:
require(permute)
set.seed(1)
mat
cbind(matrix(rnorm(2500,-2,1),nrow=25,ncol=500),matrix(rnorm(2500,2,1),nrow=25,ncol=500)))
rownames(mat)
colnames(mat)
hc.col
dd.col
col.order
hc.row
dd.row
row.order
mat
将 mat 中的值制作为间隔,并为每个间隔设置颜色:
require(RColorBrewer)
mat.intervals
interval.mat
interval.cols
names(interval.cols)
使用 ggplot2 我以这种方式绘制 heatmap (同时 legend 指定离散颜色和各自的范围):
require(reshape2)
interval.df
require(ggplot2)
ggplot(interval.df,aes(x=sample,y=gene,fill=expr))+
geom_tile(color=NA)+theme_bw()+
theme(strip.text.x=element_text(angle&#