linux序列拼接软件,批量序列拼接工具:CAP3/PCAP下载

1，在线的CAP3，少量的序列拼接

这里提供一些EST序列，用于拼接的测试。完了后生成几个文件。有两个说一下，有一个是”.qual”文件, 另一下是”.con/.contigs”文件。

“.qual”：FASTA序列的测序质量评价(每个碱基，The file of quality values)。大至上是数值越大，质量越低。

“.con/.contigs”：拼接好的文件

2，下载本地使用。有用于Windons版的、Linux版的等

注，Windons版的CAP3下载后需要把cap3文件，重命名为cap3.exe

运行cmd，运行cap3.exe，就能看到该程序的详细用法。如下面所示。

Usage: /cygdrive/d/Software/bio/Cap3Win/cap3 File_of_reads [options]

File_of_reads is a file of DNA reads in FASTA format

If the file of reads is named 'xyz',

then the file of quality values must be named 'xyz.qual',

and the file of constraints named 'xyz.con'.

Options (default values):

-a  N  specify band expansion size N > 10 (20)

-b  N  specify base quality cutoff for differences N > 15 (20)

-c  N  specify