STAR建索引terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc

最新推荐文章于 2023-07-19 16:51:31 发布
最新推荐文章于 2023-07-19 16:51:31 发布
阅读量1.3k 收藏 1
点赞数 1
文章标签： python
原文链接：https://my.oschina.net/u/3722845/blog/1563396
版权

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> hot3.png

STAR 建立norway spruce的索引的时候，由于Genome实在是太大，总是出现terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'这样的错误，谷歌一下之后把命令改成了

STAR --runMode genomeGenerate --runThreadN 20 --genomeFastaFiles Pabies.fa  --genomeDir STAR_index --limitGenomeGenerateRAM 80000000000（运行内存加到80G） --genomeChrBinNbits 11（If you are using a genome with a large > 5,000 number of references (chrosomes/scaffolds), you may need to reduce the --{genomeChrBinNbits to reduce RAM consumption. The following scaling is recommended: --genomeChrBinNbits} = min(18, log2(GenomeLength/NumberOfReferences)). For example, for 3~gigaBase genome with 100,000 chromosomes/scaffolds, this is equal to 15），所以挪威云杉12G的基因组需要log2(120,000,000,000/10,253,694)=11

转载于:https://my.oschina.net/u/3722845/blog/1563396

weixin_34186931
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
Mysql---terminate called after throwing an instance of ‘std::bad_alloc
qq_36772716的博客
11-18 1002
Sysptom: InnoDB: page_cleaner: 1000ms intended loop took 7119ms. The settings might not be optimal. (flushed=208 and evicted=0, during the time.) InnoDB: page_cleaner: 1000ms intended loop took 10336ms. The settings might not be optimal. (flushed=208 and
php-fpm超时时间设置request_terminate_timeout资源问题分析
10-16
之前发现一个php配置之后关于返回500和502的问题，今天看到一个兄弟写的非常不错，记录一下
terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
weixin_34405332的博客
08-13 551
这个错误，网上搜索到的资料大多是指向内存不足或者内存碎片问题，如下链接 http://bbs.csdn.net/topics/330000462 http://stackoverflow.com/questions/15671255/c-terminate-called-after-throwing-an-instance-of-stdbad-alloc http://qt-project....
terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc
热门推荐
u010555688的专栏
04-18 3万+
程序一直出现terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc 开始以为是内存泄漏等什么问题，不停调试malloc和free还是不行。。。
Linux“terminate called after throwing an instance of std::bad_alloc what(): std::bad_alloc Aborted ”
Wu Shenshen的博客
07-10 1万+
      最近在Linux下使用bedtools软件，在使用bedtools coverage时一直出现如下报错：terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc Aborted (core dumped)      在网上查阅了很多，所有人都说是内存不够，但是并没有给出合...
kill_program_by_name.zip_terminate process
09-24
terminate a process by name
北京大学网络信息存储中心建设方案
03-04
根据北京大学要求，富士通建议选择ETERNUS 3000 M600作为中心存储设备，ETERNUS LT160 A20作为中心存储磁带库备份系统设备。其中，ETERNUS 3000 M600作为一款基于富士通 Storplex存储理念的开放式存储系统，支持FC-...
NIPS2016:开源的Poppy类人机器人平台和Explauto库可进行自主探索，主动学习和人工指导
05-17
安装ROS Comm 使用catkin_make_isolated -DPYTHON_EXECUTABLE=/home/poppy/miniconda/编译克隆 在bashrc中设置export LC_ALL=C以防止terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error' what():...
Rviz——terminate called after throwing an instance of ‘std::bad_alloc‘解决方案
weixin_41698305的博客
11-06 3995
某天开启rviz报错： [ INFO] [1636163183.952628072]: rviz version 1.13.19 [ INFO] [1636163183.952689224]: compiled against Qt version 5.9.5 [ INFO] [1636163183.952704610]: compiled against OGRE version 1.9.0 (Ghadamon) [ INFO] [1636163183.956634846]: Forcing Open.
报错：terminate called after throwing an instance of ‘std::bad_alloc‘ what(): std::bad_alloc
xiaoqixiaoguai的博客
07-19 1万+
仔细看了下写的代码，想到一个知识点：vector容器的end指向的并不是容器中最后一个元素，而是最后一个元素的下一个元素地址，所以访问了非法内存，故这里的解决方法是：如果要访问容器中最后一个元素，需要将迭代器--，即it--；或者使用.back()来访问最后一位；2，确认是否使用vector，vector超容量时会重新申请二倍内存，因为vector会将老的一块内存，完全拷贝到另一块连续容量为2倍的vector内存中，高峰时内存将时当前系统的3倍，此时可能导致 std::bad_alloc。
c ++ terminate called after throwing an instance of ‘std::bad_alloc‘ what(): std::bad_alloc错误
yinyinyinyinyi的博客
05-26 3863
c ++ terminate called after throwing an instance of ‘std::bad_alloc’ what(): std::bad_alloc错误 内存不够： 1，确认系统已占用内存是否正常，排除数据量过大导致的问题，此时系统内存不足导致 std::bad_alloc 2，内存泄漏问题 new出来的空间用完记得delete ...
terminate called after throwing an instance of ‘stdbad_alloc‘问题原因与解决
少猿的博客
10-15 1万+
内存爆炸
XGB模型训练报错 terminate called after throwing an instance of ‘std::bad_alloc‘ what()
Alex
02-08 2493
背景：需要做XGB模型增量训练，但是因为一些原因没有得到原来的XGB模型，只有dump文件。 XGB模型的dump文件是它的树结构存储为一个相对人类好理解的模型文件，但并不能被重新加载进XGB进行增量训练。 嗯，说是那么说，我寻思试一下，看看最新版的XGB有没有增加这个功能，只载入dump文件就可以进行XGB增量训练。 一开始加载数据啥的都没问题，但是在训练的时候报错：terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what.
解决程序出现“terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc Abo...
weixin_33946020的博客
12-27 1万+
最近跑程序时出现了这么一个问题： terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc Aborted (core dumped) 出现此问题一般都是数据量太大，同时跑太多程序造成的，比如我经常会同时打开十多个终端界面，跑不同的脚本，就容易出现这种问题。解决方法很...
报错信息 terminate called after throwing an instance of ‘std::cad_alloc‘ what():std::bad_alloc
几度热忱的博客
02-21 4682
最近做了一道bfs算法的程序题 输入测试数据后卡在运行框中 然后会产生一个错误信息 第一次见到这样的报错于是记录一下解决过程 terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc’ 百度上说是数据量太大 导致内存爆掉 仔细检查代码后发现bfs()函数中数据的重复处理导致相同的数据重复进入队列 处理量过大从而内存爆掉 加上这句 data[next.x][next.y]=’#’; 加上处理完成标志 避免重复处理 即可解决这个问题 ..
rsem1.3.3 rsem-prepare-reference limitGenomeGenerateRAM
活着就好
07-11 428
rsem rsem-prepare-reference EXITING because of FATAL PARAMETER ERROR: limitGenomeGenerateRAM=31000000000is too small for your genome
生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）
Baimoc
07-14 1万+
文章目录零、介绍一、安装二、使用1、建立索引2、STAR 比对三、原理聚类、拼接和评分 零、介绍 STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。因其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多倍，因此作为 ENCODE 项目的御用 pipeline 工具。不得不提的是，它需要占用大量内存，对计算资源有较高的要求。 一、安装 conda install -c biocon
linux内存泄漏通用排查方法
jersonborn521的专栏
02-23 1万+
一．概述 Linux下经常遇到内存泄漏的问题，尤其对C/C++开发人员来说是一个亘古不变的话题，现在介绍解决Linux内存泄漏问题的方法层出不穷，让人眼花缭乱，但是作为开发人员应该从本质上了解为何会发生内存泄漏，在面对内存泄漏的问题时应当知道相关的技术细节，在解决问题时应当有个固定的排查思路，要善用Linux系统本身提供的工具来定位和解决，而不是一味的通过各种各样不常用的、不熟悉的工具来排查问题，这样不仅耗时，最终不一定能够解决问题。 本文力求通过一种通用的方法来讲解如何在Linux下定位和解决内...
terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc
最新发布
02-21
"terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc" 是一个运行时错误，它表示在程序运行过程中发生了内存分配失败的情况。当程序尝试分配内存时，如果操作系统无法满足...

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值