批量显示QC结果的利器(转)

作者：greenhillman

MultiQC

homepage: http://multiqc.info
功能：把多个测序结果的qc结果整合成一个报告。支持fastqc、trimmomatic、bowtie、STAR等多种软件结果的整合。

Installation 安装

在已经安装Anaconda的情况下，安装MultiQC非常简单，只要运行如下命令即可：

1. #conda
2. conda install -c bioconda multiqc # install multiqc
3. multiqc . #Run

查看帮助

1. multiqc --help

Run MultiQC 运行

安装好后，进入你要分析的测序文件所在的文件夹，直接输入multiqc加要扫描的目录即可运行，如果要扫描当前文件夹，直接输入"multiqc ."即可

1. multiqc .
2. multiqc /data/mydir/
3. multiqc /data/*fastqc.zip
4. multiqc /data/sanple_1*

使用“--ignore”参数忽略某些文件

1. multiqc . --ingore *_R2*
2. multiqc . --ignore run_two/
3. multiqc . --ignore */run_three/*/fastqc/*.zip

使用文本指定要分析的文件的路径

1. multiqc --file-list_my_file_list.txt

重命名输出结果

分析结果默认命名为“multiqc_report.html”，相关的以tab风格的data file保存在“multiqc_data”文件夹下。可以用“-n”参数改变结果文件的名字，用“-o”改变输出文件的位置。

覆盖已存在的结果

添加参数“-f”，输出结果时会自动覆盖同名文件。

更换报告模板

添加参数“-t”或者“--template”可以选择不同风格的报告模板，具体内容请查看帮助文档“multiqc --help”。同时，MultiQC也支持自行创作结果文件的模板。

输出图片Exporting plot

除了直接输出html文件外，Multiqc还可以直接保存图片文件。用以下参数进行保存：

1. multiqc -p/--export

默认设置下，图片会保存在“multiqc_plots”文件夹中，以.png/.svg或者pdf格式保存。
同时，也可以直接在html文件中使用“toolbox”中的Export 保存图片。

报告正文

报告页面分为三部分，左边是导航页面，中间是报告正文，右边是toolbox

1. General Statistics

（Configure Conlumns）可选择需要展示的列名

点击列名可进行排序

(plot)可选择任意两列进行plot

Toolbox

工具栏主要有Hightlight Samples、Rename Samples、Show/Hide Samples、Export Plots、Saving Setting以及帮助等功能。