fmri数据分析图像格式及转换问题——基于spm讨论

1.几大常用格式

这张ppt介绍了现在常用的三种格式：dicom主要由扫描器产生，一般是一个slice一个文件；analyze 格式= .img/.hdr spm下用的最多；nifti ，由fsl & afni & spm几个老大哥共同确定的格式，支持3d或者4d。

 

 

2.利用spm的dicom import 把dicom原始数据转换成分析格式。

 

　　一般从sanner拷出来的文件夹中，每一个文件夹里的dicom文件，代表一个被试一次run的结果。spm会自动将dicom转成hdr/img格式。

3.利用matlab从hdr/img中读取文件信息，绘图，抽取出矩阵数据等等。

　　学会使用spm自带的两条命令：spm_vol ：读取相应的img文件的hdr文件信息；

　　　　　　　　　　　　　　　　spm_read_vols:按照矩阵格式，读取img文件内容。

 

 

4.利用matlab 批量读取img文件，然后自动转换成四维的数据。(这张ppt的spm_get命令似乎有问题，最好还是利用其他方法进行3d-》4d)

 

5.绘制时间序列

 5.利用spm进行3d转4d：
　　hankfully, SPM has a semi-hidden utility for this conversion.

The GUI is located within the Batch Editor’s SPM>Util menu, and be default saves the specified 3D NIFTI images to a single 4D NIFTI image within the same directory.

6. 把nii格式转成hdr和img格式

　　利用mricron软件的import—》 convert nifti .nii to .hdr/.img