Biopython使用4:PDB结构

Biopython 第十一章:走向3D:PDB模块

PDBParser和MMCIFParser

PDBParser 解析器

使用p=PDBParser(参数)来构建一个PDB解释器. 接收以下参数 (常用QUIET=True ) :

• PERMISSIVE - Evaluated as a Boolean. If false, exceptions in constructing the SMCRA data structure are fatal. If true (DEFAULT),the exceptions are caught, but some residues or atoms will be missing.
• get_header - unused argument kept for historical compatibilty.
• structure_builder - an optional user implemented StructureBuilder class.
• QUIET - Evaluated as a Boolean. If true, warnings issued in constructing the SMCRA data will be suppressed. If false (DEFAULT), they will be shown. These warnings might be indicative of problems in the PDB file!

>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> p = PDBParser()
>>> s = p.get_structure('1d3z','1D3Z.pdb')
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解释器对象有以下方法和属性:

• .get_structure(id,file) : 读取结构, 返回Structure对象. 可以用文件名或句柄
• .get_header()/.get_trailer() : 获取PDB文件的文件头和文件尾. 文件头是一个字典. 文件尾是一个列表. 文件头和文件尾要在结构解释后才有信息.
• .PERMISSIVE, .QUIET, .structure_builder 同PDBParser的参数.
• .header与.trailer : 文件头和文件尾信息. 同相应get方法.
• .line_counter: 行数.

读取后获得的Structure对象有多项属性. 其中header属性同PDBParser获得. id属性也是解析时指定.

Bio.PDB.parse_pdb_header(file) 也可以用来读取文件头. 包括head, deposition_date, release_date, structure_method, resolution, structure_reference, journal_reference, author and compound.

读取mmCIF文件

类似PDBParser, 参数支持structure_builder与QUIET. 解释器支持get_structure方法, 有line_counter属性. 要获取类似文件头信息, 要用MMCIF2Dict 方法. 获取的也是一个字典.

>>> from Bio.PDB.MMCIFParser import MMCIFParser
>>> parser = MMCIFParser()
>>> structure = parser.get_structure('1fat', '1fat.cif')
### 要解释mmCIF的额外信息, 需要MMCIF2Dict
>>> from Bio.PDB.MMCIF2Dict import MMCIF2Dict
>>> mmcif_dict = MMCIF2Dict('1fat.cif')
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PDBIO类对象保存文件

该类主要用于输出PDB文件. from Bio.PDB import PDBIO来加载后, 直接构建一个io对象. 用set_structure来指定结构后, 再用save方法来保存.

如果想保存部分结构而非全部结构, 可以用Select类来实现. Select支持四种方法来进行选择: accept_model(model), accept_chain(chain), accept_residue(residue), accept_atom(atom). 默认情况下, 每种方法的返回值都为1(即被保存), 可以继承该类自行构建子类来构建自己的选择器, 从而实现强大的功能. 当经常需要选择性保存时, 这种做法比较方便.

>>> from Bio.PDB import PDBIO
### 简单的读写
>>> io = PDBIO()
>>> io.set_structure(s)
>>> io.save('out.pdb')

#### 构建一个选择器来选择GLY. 
>>> class GlySele