tophat 原理_使用TopHat分析RNA-Seq结果

TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。

其上游软件是Bowtie，下游是Cufflinks。

理论上，TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件，它偶尔也能对其它来源的数据进行分析，但不保证成功。它针对75bp以上长度的短序进行了优化。

在使用TopHat前，必须将Bowtie的可执行文件的目录输出到PATH变量中去，例：export PATH=$PATH:/share/sbin/bowtie

确保TopHat可以运行bowtie, bowtie-inspect以及bowtie-build。

还需要下载安装samtools。

TopHat的使用范例：

[shell]

tophat [options]* [reads1_2,...readsN_2]

[/shell]

先下载测试文件，并解压。

[shell]

tar zxvf test_data.tar.gz

cd test_data

tophat -r 20 test_ref reads_1.fq reads_2.fq

[/shell]

如果成功的话，可以看到类似下面的输出：

[shell]

[Mon May 4 11:07:23 2009] Beginning TopHat run (v1.1.1)

-----------------------------------------------

[Mon May 4 11:07:23 2009] Preparing output location ./tophat_out/

[Mon May 4 11:07:23 2009] Checking for Bowtie index files

[Mon May 4 11:07:23 2009] Checking for reference FASTA file

[Mon May 4 11:07:23 2009] Checking for Bowtie

Bowtie version: 0.9.9.1

[Mon May 4 11:07:23 200